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"Investigations pour tenter de discerner les origines de l’apparition en Chine du virus SRAS-CoV-2, un coronavirus responsable de la pandémie de COVID-19" par Jacques Hallard

vendredi 5 août 2022, par Hallard Jacques


ISIAS Coronavirus

Investigations pour tenter de discerner les origines de l’apparition en Chine du virus SRAS-CoV-2, un coronavirus responsable de la pandémie de COVID-19

Jacques Hallard , Ingénieur CNAM, site ISIAS – 27/07/2022

Plan du document : Introduction Sommaire Auteur


Introduction

Point sur la recherche de l’origine du SRAS-CoV-2, un coronavirus ayant causé la pandémie de COVID-19. Pour une rétrospective, voir ceci : Coronavirus (COVID-19) - Chiffres clés, interviews d’experts, questions-réponses, outils de prévention... tout savoir sur le coronavirus (SARS-CoV-2), COVID-19, son évolution en France et dans le Monde, et l’action de Santé publique France. Mis à jour le 21 juillet 2022 – Source : https://www.santepubliquefrance.fr/dossiers/coronavirus-covid-19

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Sommaire

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  • Des scientifiques affinent leur argument selon lequel le coronavirus provient bien du marché de Wuhan en Chine – Traduction du 27 juillet 2022 par Jacques Hallard – avec ajout d’un complément sur le chien viverrin - d’un article de Joel Achenbach diffusé par ‘washingtonpost.com’ sous le titre « Scientists hone argument that coronavirus came from Wuhan market » - 26 juillet 2022 à 20 h 25 EDT – Référence : https://www.washingtonpost.com/science/2022/07/26/coronavirus-origin-wuhan-market/
    Image - Un agent de sécurité demande aux journalistes de dégager la route le 31 janvier 2020, après qu’un convoi transportant une équipe de l’Organisation mondiale de la santé soit entré dans le marché des fruits de mer Huanan à Wuhan, en Chine. (Ng Han Guan/AP)

La pandémie de coronavirus a commencé par des débordements viraux distincts - au moins deux mais peut-être jusqu’à deux douzaines - provenant d’animaux vivants vendus et dépecés fin 2019 sur le marché des fruits de mer Huanan à Wuhan, en Chine, selon deux articles publiés mardi dans la revue Science.

Wuhan.[Carte de Chie – Localisation de Wuhan]

La publication de ces articles, qui ont fait l’objet de cinq mois d’examen par les pairs et de révisions par les auteurs, ne risque pas d’éteindre le débat rancunier sur la façon dont la pandémie a commencé et sur la question de savoir si le virus a émergé d’un laboratoire chinois. Les auteurs reconnaissent qu’il existe de nombreuses inconnues qui nécessitent des recherches plus approfondies, notamment la question de savoir quels animaux ont été impliqués.

’Tout ce qui se trouve en amont - quels animaux, d’où viennent-ils, comment tout cela est lié - est totalement inconnu à ce stade’, a déclaré Kristian Andersen, immunologiste au Scripps Research, lors d’un point presse mardi.

’Avons-nous réfuté la théorie de la fuite en laboratoire ? Non, nous ne l’avons pas fait. Le pourrons-nous un jour ? Non. Mais il y a des scénarios ’possibles’ et des scénarios ’plausibles’. ... ’Possible’ ne signifie pas aussi probable’, a déclaré M. Andersen.

L’origine naturelle de la pandémie - une ’zoonose’ - est depuis longtemps une théorie privilégiée par les scientifiques pour la simple raison que la plupart des pandémies, y compris l’épidémie de coronavirus du SRAS de 2002-2003, ont commencé de cette manière. Andersen et ses collègues estiment que de nombreux éléments de preuve, notamment le regroupement des premiers cas de covid-19 autour du marché, font de l’origine du marché non seulement un scénario probable, mais le seul qui corresponde aux données.

La conjecture de la ’fuite de laboratoire’ a été initialement rejetée par la plupart des médias grand public comme une théorie de la conspiration. Il existe de nombreux scénarios de fuite de laboratoire, et beaucoup se sont concentrés sur l’Institut de virologie de Wuhan, un important centre de recherche qui étudie les coronavirus.

Les scientifiques de cet institut affirment n’avoir jamais eu le virus dans leur laboratoire. Mais des experts extérieurs se sont demandé si le laboratoire respectait suffisamment les mesures de sécurité lors des recherches sur les virus. Les autorités chinoises ont limité l’accès des enquêteurs extérieurs aux laboratoires. Des détectives amateurs ont créé des communautés en ligne qui n’ont cessé d’éveiller les soupçons quant à une éventuelle fuite du laboratoire. La pression pour enquêter sur cette hypothèse s’est exercée alors que la communauté scientifique avait du mal à déterminer comment le virus avait pénétré dans la population humaine.

En mai 2021, la revue Science avait publié une lettre de 18 scientifiques demandant une enquête sur l’origine du virus qui inclurait l’exploration de la théorie de la fuite en laboratoire. Peu après, le président Biden a demandé à ses agences de renseignement d’enquêter sur toutes les origines possibles de la pandémie. L’examen a conclu que le virus n’était pas une arme biologique artificielle, mais n’a pas permis de tirer de conclusion sur son origine.

Parmi les scientifiques qui ont signé la lettre adressée à Science figurait Michael Worobey, virologue évolutionniste à l’université d’Arizona, qui estimait que la thèse de la fuite du laboratoire méritait l’attention même si elle n’était pas l’origine la plus probable. Mais Worobey a rapidement acquis la conviction que le virus provenait du marché. Worobey est l’auteur principal du nouvel article qui soutient que le marché était l’épicentre de la pandémie.

Les chercheurs ont passé en revue les données relatives aux premiers patients, dont beaucoup avaient un lien direct avec le marché ou vivaient à proximité. La géographie de la propagation des premières communautés a montré que les infections rayonnaient vers l’extérieur à partir des environs du marché, a déclaré Worobey : ’C’est un oeil de taureau fou’.

De plus, lorsque le marché a été identifié pour la première fois comme le site d’un groupe de cas, les enquêteurs chinois ont prélevé des échantillons environnementaux à la recherche de traces du virus. Un nombre disproportionné de traces positives du virus provenait de la section du marché où des animaux vivants avaient été vendus, rapporte la nouvelle étude.

’Le virus a commencé à se propager chez les personnes qui travaillaient sur le marché, mais il a ensuite commencé à se propager dans la communauté locale environnante, car les vendeurs se rendaient dans les magasins locaux et infectaient les personnes qui travaillaient dans ces magasins’, a suggéré Worobey.

M. Worobey n’est pas novice en la matière. L’année dernière, il a écrit un article ’Perspective’ dans Science, dans lequel il affirmait que le regroupement géographique des cas dans et autour du marché ne pouvait pas être expliqué par un ’biais d’établissement’, ce qui signifie que le regroupement n’était pas simplement le résultat des enquêteurs frappant aux portes dans cette zone après la détection du foyer du marché.

Il estime que tout autre scénario - comme une fuite de laboratoire - est peu plausible.

Interview mardi. “Même si vous n’avez pas le pistolet fumant de ’Oui, nous avons échantillonné le chien viverrin avec le virus en décembre’, lorsque vous mettez tout cela ensemble, c’est la seule théorie qui explique réellement toutes les données.”

[Addenda - Le chien viverrin ou « chien martre » est également appelé « Raccoon dog » par les Anglais et « Wasbeerhond » par les Néerlandais, ce qui signifie littéralement « chien raton laveur ». Il est également connu sous le nom japonais de tanuki. Wikipédia ]

[Chien viverrin : qu’est-ce que c’est ?- Photo - Chien viverrin juvénile. © Martin E. Walder, GNU FDL Version 1.2 

Chien viverrin (Gray 1834) - Nyctereutes procyonoides

  • Ordre : Carnivora
  • Sous ordre  : Caniformia
  • Famille : Canidae
  • Genre  : Nyctereutes
  • Taille : 0,50 à 0,70 m (hauteur au garrot 0,30 m - longueur de la queue 0,25 m)
  • Poids  : 4 à 10 kg
  • Longévité : 7 à 10 ans
    Statut de protection UICN : LC Préoccupation mineure

Description du chien viverrin - Le chien viverrin est de la taille d’un renard mais sa morphologie est davantage trapue. Il possède des membres courts ainsi qu’un pelage épais et long de couleur gris brun, et arbore un masque facial sombre un peu semblable à celui du raton laveur. Sa queue par contre est d’une teinte uniforme. Ses joues sont ornées de poils plus longs qui font penser à des favoris. Il présente quelques ressemblances avec les mustélidés.

Photo - Chien viverrin. © Pkuczynski, GNU FDL Version 1.2 

Habitat du chien viverrin - L’habitat originel du chien viverrin était situé dans l’Extrême Orient, dans les régions montagneuses plantées de forêts mixtes des fleuves Amour et Oussouri en Russie et en Chine, en Corée du Nord, au nord de l’Indochine et au Japon. De nos jours, pour cause d’élevages intensifs pour la fourrure en Russie et dans divers pays d’Europe dans les années 1920 à 1930, l’animal a conquis la Russie occidentale, la Scandinavie et est également présent en France, en Belgique et en Suisse. Un individu mort a été découvert en avril 2010 à Oostmalle en Belgique. Il s’agit du troisième spécimen confirmé dans ce pays où il est classé comme nuisible et interdit.

Comportement du chien viverrin - Contrairement aux autres membres de la famille des canidés qui ont une structure sociale organisée, le chien viverrin ne vit pas en meutes ou en groupes. C’est un animal discret et solitaire dont les mœurs sont essentiellement nocturnes. Durant l’automne, à la manière des ours, il mange tout ce qui lui tombe sous la gueule, afin de se constituer une réserve de graisse pour supporter la mauvaise saison. En effet, c’est le seul représentant de la famille des canidés à hiberner lorsque la température s’abaisse en dessous de -5°. Il possède également la particularité de ne pas aboyer. Il occupe des tanières souterraines (souvent des terriers de renards) auquel il rajoutera une « chambre » supplémentaire lors de la période de reproduction afin que la femelle puisse mettre bas en toute quiétude.

Photo - Couple de chiens viverrins. © Zefram, GNU FDL Version 1.2 

Reproduction du chien viverrin - La période de reproduction a lieu entre février et avril et la gestation dure deux mois. La femelle va ensuite mettre bas de six à huit petits, qu’elle allaitera pendant deux mois. Ils s’alimenteront ensuite de viande régurgitée et vers trois mois s’aventureront à la suite des parents qui les initieront à la chasse et aux dangers extérieurs. Le chien viverrin atteint sa maturité sexuelle au bout d’un an.

Régime alimentaire du chien viverrin - Le chien viverrin est un opportuniste plutôt qu’un prédateur. Il ne chasse pas de gros ongulés du type chevreuils ou sangliers, mais s’alimente plus volontiers de rongeurs, d’insectes, de reptiles et d’amphibiens, de gastéropodes, de baies et de champignons, d’œufs, d’oisillons et de charognes.

Menaces sur le chien viverrin – Le chien viverrin n’est pas considéré comme une espèce menacée bien qu’il soit chassé pour sa fourrure, et parfois éliminé volontairement parce qu’il est vecteur de la rage. Dans nos régions c’est au contraire une espèce exogène considérée comme nuisible à la faune locale. 

©2001-2022 Futura-Sciences, tous droits réservés - Groupe MadeInFutura – Source : https://www.futura-sciences.com/planete/definitions/zoologie-chien-viverrin-8441/ ].

Suite du document traduit

Angela Rasmussen, virologue à l’Université de Saskatchewan au Canada et co-auteur de l’un des nouveaux articles, a déclaré dans un courriel qu’elle était d’accord avec Worobey : “Il n’y a pas d’explication alternative qui corresponde aux faits, donc quiconque essaie d’en trouver une devra devenir adepte de l’ignorance volontaire, un contorsionniste logique, ou simplement un fabuliste.”

L’affirmation des auteurs d’une origine naturelle de la pandémie n’est pas nouvelle : les deux mêmes articles sous une forme antérieure, ont été mis en ligne en février 2022 sur un site de “préimpression”. Mais à ce moment-là, ils existaient dans les limbes de l’examen par les pairs — quelque chose qui pourrait être rapporté dans un reportage mais qui n’a pas la stature des études qui ont survécu à l’examen minutieux d’étrangers bien informés et de rédacteurs en chef de revues.

Le deuxième article publié mardi dans Science rapporte que des preuves génétiques et une modélisation informatique suggèrent que le virus s’est répandu dans la population humaine non pas une seule fois, mais à plusieurs reprises à la fin de 2019. L’analyse génomique des premiers cas montre deux lignées distinctes, appelées A et B, qui devaient provenir de retombées distinctes. Les deux lignées ont été trouvées dans des échantillons environnementaux prélevés sur le marché, selon un document de préimpression de chercheurs chinois en février 2022.

Les promoteurs de la théorie des fuites en laboratoire rétorquent que le marché était plus probablement un site de ‘superspreader’. Le virus pourrait y avoir été introduit par une personne infectée dans un laboratoire ou par une personne exposée à un travailleur de laboratoire infecté, par exemple.

L’argument en faveur d’une origine du marché repose également sur des données chinoises qui peuvent ne pas être fiables, a déclaré Jesse Bloom, virologue à l’Institut de recherche sur le cancer ‘Fred Hutchinson’, dans une interview publié plus tôt cette année. Il a déclaré qu’il estimait que les données n’étaient “pas concluantes.”“Je pense que les données publiées par le gouvernement chinois devraient être traitées avec un grain de sel sain”, a déclaré Bloom.

Il n’y a aucune preuve que le virus ou son ancêtre immédiat se trouvait dans un laboratoire avant l’épidémie à Wuhan. Mais le mystère persistant de l’origine de la pandémie a attiré l’attention sur le type de recherche sur les virus — y compris les expériences de “gain de fonction” — qui, selon certains critiques, est trop risqué. Les ‘National Institutes of Health’ des États-Unis, plongés dans la controverse parce qu’ils ont aidé à financer certaines recherches à l’Institut de virologie de Wuhan, ont déclaré cette année qu’ils révisaient leurs politiques pour assurer la sûreté et la sécurité des laboratoires.

Le sénateur Rand Paul (R-Ky.), qui est favorable à une explication de l’origine en laboratoire, a déclaré lors d’un rassemblement le 30 avril 2022 dans le Kentucky que si les républicains prenaient le pouvoir au Sénat après les élections de mi-mandat, il utiliserait le pouvoir d’assignation pour “aller au fond [pour savoir] d’où vient ce virus.”

Des scientifiques chinois ont nié que le virus était présent dans leur laboratoire. Le virus, selon Andersen et d’autres virologues qui l’ont étudié, ne semble pas avoir été manipulé ou modifié, et ses caractéristiques génétiques pourraient avoir été produites par l’évolution.

Pourtant, la controverse sur la recherche sur les coronavirus ne devrait pas s’estomper.

Jeffrey Sachs, économiste à l’Université de Columbia, dirige une commission parrainée par la revue ‘The Lancet’ qui devrait produire un rapport cet automne sur la pandémie, y compris l’origine du virus. Il a récemment co-écrit un article dans les ‘Proceedings of the National Academy of Sciences’ appelant à une enquête sur l’origine de la pandémie par le biais d’une “enquête bipartite du Congrès dotée de pleins pouvoirs d’enquête.”

Mardi, après la publication des deux articles par Science, Sachs a déclaré dans un courrier électronique qu’il était toujours favorable à la théorie des fuites en laboratoire : “Les deux hypothèses concurrentes, les retombées naturelles et la création en laboratoire, sont toutes deux viables. Ils doivent être comparés directement les uns aux autres. À mon avis, l’hypothèse de la création en laboratoire est la plus simple et la plus crédible.”

Les nouveaux articles ne déclarent pas “le dossier est clos” mais sont utiles, a noté David Relman, professeur de médecine et de microbiologie à l’Université de Stanford, qui figurait parmi les signataires de la lettre à la science de 2021 appelant à une enquête sur toutes les origines possibles de la pandémie. Il a dit qu’il aimerait voir une étude médico-légale aussi approfondie de l’hypothèse de la fuite en laboratoire.

“Je ne pense pas que nous puissions dire que nous savons maintenant que cela a commencé ici. Je pense que nous pouvons dire que quelque chose d’intéressant s’est passé dans cette partie de la ville”, a déclaré Relman. “Nous n’avons pas d’animaux positifs au coronavirus sur le marché.”

Andersen, le chercheur scientifique de Scripps, est empêtré dans la controverse sur l’origine du virus depuis plus de deux ans. Il était l’auteur principal d’un premier article, publié dans ‘Nature Medicine’, affirmant que le virus n’était clairement pas conçu. Mais sa première impression du virus avait été qu’il ne semblait pas naturel, et ce n’est qu’après avoir fait plus de recherches qu’il a conclu que ses caractéristiques auraient pu être produites par l’évolution.

Mardi, Andersen a réitéré qu’il pensait initialement que le nouveau coronavirus provenait probablement d’un laboratoire. Mais tous les signes indiquent maintenant le marché, a-t-il déclaré.

” Ce n’est pas une preuve formelle, encore une fois, mais elle est si forte à mon avis que toute autre version, une fuite de laboratoire par exemple, devrait être en mesure d’expliquer toutes ces preuves’, a-t-il déclaré. “Ce n’est tout simplement pas possible.”

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Source : https://www.washingtonpost.com/science/2022/07/26/coronavirus-origin-wuhan-market/

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Résumé

Comprendre comment le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) est apparu en 2019 est essentiel pour prévenir les épidémies de zoonoses avant qu’elles ne deviennent la prochaine pandémie. Le marché de gros des fruits de mer de Huanan à Wuhan, en Chine, a été identifié comme une source probable de cas dans les premiers rapports, mais plus tard, cette conclusion est devenue controversée.

Nous montrons que les premiers cas connus de COVID-19 de décembre 2019, y compris ceux sans liens directs signalés, étaient géographiquement centrés sur ce marché. Nous rapportons que des mammifères vivants sensibles au SRAS-CoV-2 ont été vendus sur le marché à la fin de 2019 et, sur le marché, des échantillons environnementaux positifs au SRAS-CoV-2 ont été spatialement associés à des commerçants vendant des mammifères vivants. Bien qu’il n’y ait pas suffisamment de preuves pour définir les événements en amont et que les circonstances exactes restent obscures, nos analyses indiquent que l’émergence du SRAS-CoV-2 s’est produite via le commerce d’espèces sauvages vivantes en Chine, et montrent que le marché de Huanan était l’épicentre de la pandémie de COVID-19.

Le 31 décembre 2019, le gouvernement chinois a notifié à l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) une épidémie de pneumonie sévère d’étiologie inconnue à Wuhan, province du Hubei (1-4), une ville d’environ 11 millions d’habitants. Sur les 41 personnes initialement hospitalisées pour une pneumonie inconnue au 2 janvier 2020, 27 (66%) avaient une exposition directe au marché de gros des fruits de mer de Huanan (ci-après “ ’ Marché de Huanan”) (2, 5, 6).

Il a été confirmé que ces premiers cas étaient infectés par un nouveau coronavirus, nommé par la suite coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) et souffraient d’une maladie nommée plus tard maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).

Les premiers diagnostics de COVID-19 ont été posés dans plusieurs hôpitaux de manière indépendante entre le 18 et le 29 décembre 2019 (5). Ces premiers rapports étaient exempts de biais de vérification car ils étaient basés sur des signes et des symptômes avant que le marché de Huanan ne soit identifié comme un facteur de risque partagé (5).

Un examen systématique ultérieur de tous les cas notifiés au Système national de déclaration des maladies à déclaration obligatoire de la Chine par les hôpitaux de Wuhan dans le cadre de l’ “étude mondiale conjointe OMS-Chinoise sur les origines du SRAS-CoV-2 : Partie chinoise” (ci-après, “Rapport de mission de l’OMS”) (7) a montré que 55 des 168 des premiers cas connus de COVID-19 étaient associés à ce marché. Cependant, l’observation selon laquelle la prépondérance des premiers cas était liée au marché de Huanan n’établit pas que la pandémie y ait pris naissance.

Des ventes soutenues de mammifères vivants en 2019 ont eu lieu sur le marché de Huanan et sur trois autres marchés de Wuhan, y compris des animaux sauvages et d’élevage (8). Plusieurs de ces espèces sont connues pour être sensibles expérimentalement aux coronavirus liés au SRAS (SARSr-COVs), tels que le SRAS-CoV (ci-après “SRAS-CoV-1”) et le SRAS-CoV-2 (9-11).

Au cours des premiers stades de la pandémie de COVID-19, on a émis l’hypothèse que les animaux vendus au marché de Huanan étaient à l’origine des cas de pneumonie inexpliqués (12-19) (données S1), ce qui correspond à l’émergence du SRAS-CoV-1 de 2002 à 2004 (20), ainsi que d’autres zoonoses virales (21-23). Cela a conduit à la décision de fermer et d’assainir le marché de Huanan le 1er janvier 2020, des échantillons environnementaux étant également prélevés sur les étals des vendeurs (7, 12, 24) (données S1).

Déterminer l’épicentre de la pandémie de COVID-19 au niveau du quartier plutôt qu’au niveau de la ville pourrait aider à résoudre si le SRAS-CoV-2 avait une origine zoonotique, similaire au SRAS-CoV-1 (20).

Dans cette étude, nous avons obtenu des données provenant de diverses sources pour tester l’hypothèse selon laquelle la pandémie de COVID-19 a commencé au marché de Huanan. Malgré des tests limités sur la faune vivante vendue sur le marché, collectivement, nos résultats fournissent la preuve que le marché de Huanan a été l’épicentre précoce de la pandémie de COVID-19 et suggèrent que le SRAS-CoV-2 a probablement émergé du commerce de la faune vivante en Chine. Cependant, les événements en amont du marché, ainsi que les circonstances exactes sur le marché, restent obscurs, soulignant la nécessité d’études supplémentaires pour comprendre et réduire le risque de futures pandémies.

Lire la suite et la totalité de l’article sur ce site : https://www.science.org/doi/10.1126/science.abp8715

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Résumé

Il est important de comprendre les circonstances qui conduisent aux pandémies pour les prévenir. Ici, nous analysons la diversité génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au début de la pandémie de coronavirus 2019 (COVID-19).

Nous montrons que la diversité génomique du SRAS-CoV-2 avant février 2020 ne comprenait probablement que deux lignées virales distinctes, désignées A et B. Les méthodes d’enracinement phylodynamique, associées à des simulations épidémiques, révèlent que ces lignées sont le résultat d’au moins deux événements distincts de transmission inter-espèces à l’homme.

La première transmission zoonotique a probablement impliqué des virus de la lignée B autour du 18 novembre 2019 (23 octobre-8 décembre), tandis que l’introduction distincte de la lignée A s’est probablement produite quelques semaines après cet événement.

Ces résultats indiquent qu’il est peu probable que le SRAS-CoV-2 ait largement circulé chez l’Homme avant novembre 2019 et définissent la fenêtre étroite entre le moment où le SRAS-CoV-2 a fait son apparition chez l’Homme et celui où les premiers cas de COVID-19 ont été signalés. Comme pour les autres coronavirus, l’émergence du SRAS-CoV-2 a probablement résulté de multiples événements zoonotiques.

Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est responsable de la pandémie de coronavirus maladie 19 (COVID-19) qui a provoqué plus de 5 millions de décès confirmés au cours des deux années qui ont suivi sa détection au ‘Huanan Seafood Wholesale Market’ (ci-après le ’ marché Huanan ’) en décembre 2019 à Wuhan, en Chine (1-3).

Lorsque l’épidémie initiale s’est propagée à d’autres pays, la diversité du SRAS-CoV-2 s’est rapidement accrue et a conduit à l’émergence de multiples variantes préoccupantes, mais le début de la pandémie a été marqué par deux lignées majeures désignées ’ A ’ et ’ B ’ (4).

La lignée B a été la plus fréquente tout au long de la pandémie et comprend les onze génomes séquencés d’humains directement associés au marché de Huanan, y compris le génome échantillonné le plus précoce, Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019, et le génome de référence, Wuhan/Hu-1/2019 (ci-après ’ Hu-1 ’) (5), échantillonnés respectivement les 24 et 26 décembre 2019.

Les virus de la lignée A qui sont les plus anciens, Wuhan/IME-WH01/2019 et Wuhan/WH04/2020, ont été échantillonnés respectivement le 30 décembre 2019 et le 5 janvier 2020 (6). La lignée A diffère de la lignée B par deux substitutions nucléotidiques, C8782T et T28144C, que l’on retrouve également dans des coronavirus apparentés provenant de chauves-souris Rhinolophus (4), le réservoir hôte présumé (7).

Les virus de la lignée B présentent un schéma ’C/T’ sur ces sites clés (C8782, T28144), tandis que les virus de la lignée A présentent un schéma ’T/C’ (C8782T, T28144C). Les premiers génomes humains de la lignée A n’ont pas de lien épidémiologique direct avec le marché de Huanan, mais ont été prélevés chez des personnes qui vivaient ou avaient récemment séjourné à proximité du marché (8).

On a émis l’hypothèse que les lignées A et B ont émergé séparément (9), mais les génomes ’ C/C ’ et ’ T/T ’ intermédiaires aux lignées A et B remettent en question cette hypothèse, car leur existence suggère une évolution intra-humaine d’une lignée vers l’autre via une forme transitoire.

Des questions concernant ces lignées demeurent : si les virus de la lignée B sont plus éloignés des sarbecovirus des chauves-souris Rhinolophus, (i) pourquoi les virus de la lignée B ont-ils été détectés plus tôt que ceux de la lignée A et (ii) pourquoi la lignée B a-t-elle prédominé au début de la pandémie ?

Pour répondre à ces questions, il faut déterminer l’haplotype ancestral, c’est-à-dire les caractéristiques de la séquence génomique de l’ancêtre commun le plus récent (ACMR) à la racine de la phylogénie du SRAS-CoV-2. Dans cette étude, nous avons combiné les données génomiques et épidémiologiques du début de la pandémie COVID-19 avec des modèles phylodynamiques et des simulations d’épidémies. Nous avons éliminé un grand nombre des haplotypes précédemment suggérés comme l’ACRM du SRAS-CoV-2 et montrons que la pandémie a très probablement commencé par au moins deux transmissions zoonotiques distinctes à partir de novembre 2019.

Les résultats et la totalité de cette publication sont à lire sur ce site : https://www.science.org/doi/10.1126/science.abp8337 > The molecular epidemiology of multiple zoonotic ...

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