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"Le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19 peut persister dans le corps des mois durant et se disséminer précocement dans le cerveau ; examen de ses variants successifs - dont Delta très agressif et Omicron très contagieux mais moins violent – et questionnements sur la nature vivante des virus et les perspectives sanitaires" par Jacques Hallard

mercredi 19 janvier 2022, par Hallard Jacques


ISIAS CORONAVIRUS

Le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de COVID-19 peut persister dans le corps des mois durant et se disséminer précocement dans le cerveau ; examen de ses variants successifs - dont Delta très agressif et Omicron très contagieux mais moins violent – et questionnements sur la nature vivante des virus et les perspectives sanitaires

Jacques Hallard , Ingénieur CNAM, site ISIAS – 17/01/2022

Plan du document : Introduction En forme de résumé Sommaire Auteur

https://cdn-s-www.leprogres.fr/images/0c30e76a-eadd-4553-8b67-1d6976a76eea/NW_raw/capture-d-ecran-covidtracker-1641817791.jpg

Moyenne des cas quotidiens de Covid-19 en France en fonction du variant - Calcul réalisé à partir de la proportion de suspicion de Delta et Omicron dans le criblage des tests - La date du 21 décembre 2022 est celle où le variant Omicron, suffisamment répandu, a commencé à faire flamber les contaminations globales… - Source : Santé publique France, Grégory Rozières


Introduction en forme de résumé

Ce dossier regroupe des documents aidant à faire un point sur la situation sanitaire de la pandémie de COVID-16 causée par levirus SARS-CoV-2, à partir d’informations de France et des Etats-Unis. On apprende notamment que ce virus « peut persister dans le corps pendant des mois et se disséminer précocement dans le cerveau ».

En pleine expansion, le variant Omicron « nous oblige à repenser les tests et les traitements du COVID-19 : ce nouveau variant a des conséquences sur les tests rapides et les traitements par anticorps » et « oblige à repenser les tests rapides et les traitements par anticorps »… « Toutefois, les rappels de vaccination peuvent être utiles ».

Est rapporté un article de Megan Scudellari qui tente de répondre aux deux questions qu’elle se pose : « Les virus sont-ils vivants, non vivants ou quelque chose entre les deux ? Et quelle importance cela a-t-il ? ».

Six documents choisis composent la rubrique « Compléments actualisés sur les variants  » : ils permettent de resituer dans le temps les apparitions successives et les dénominations des variants du virus SARS-CoV-2 et leurs conséquences sur la santé publique.

Prudentes, mais laissant entrevoir une note plutôt optimiste – mais conditionnelle - sur l’évolution de la pandémie de COVID-19, des informations de dernière minute (dont les simulations de l’Institut Pasteur à Paris) indiquent que ces derniers jours, « une accalmie se dessine dans les services de réanimation en France » et « pourquoi les scientifiques tablent sur une période de baisse de la pandémie puis de calme : la cinquième vague causée par le variant Delta, puis par le variant Omicron, devrait atteindre un creux d’ici ’au mois de mars 2022’, y compris dans les hôpitaux français… ».

Les documents sélectionnés pour ce dossier sont agencés – avec leurs accès à la totalité des contenus et à la plupart des images non représentées - dans le sommaire ci-après.

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Sommaire

Dernière minute – Pandémie deCovid-19 : une accalmie se dessine dans les services de réanimation -Par Le Figaro avec AFP – Publié le 15/01/2022 à 19:51, Mis à jour le 16/01/2022 à 09:55 – Document ‘lefigaro.fr’

Dernière minute - Covid-19 : pourquoi les scientifiques tablent sur une période de baisse puis de calme : la cinquième vague causée par le variant Delta, puis par Omicron, devrait atteindre un creux d’ici ’au mois de mars’, y compris à l’hôpital - Par Grégory Rozières - 17/01/2022 11:28 CET – Document ‘Le HuffPost’

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  • Les chiffres et cartes du Covid en France au 15 janvier 2022 - Le pic de la 5e vague, portée par le variant Omicron, semble se dessiner, comme prévu par l’Institut Pasteur. Mais il faut rester prudent - Par Grégory Rozières- 15/01/2022 07:48 CET – Document ‘Huffpost’ SCIENCE

    Le pic des cas de Covid-19 attendu par l’Institut Pasteur semble se dessiner avec les chiffres de suivi...

Le HuffPost / Grégory Rozières - SCIENCE - Encore une victoire de Pasteur ? Dans leurs dernières modélisations, les équipes du célèbre institut français estimaient que le pic des cas de la cinquième vague de coronavirus, portée par le variant Omicron, serait atteint à la mi-janvier 2022.

Et s’il ne faut pas crier victoire trop vite, les chiffres des indicateurs de suivi du Covid-19 semblent clairement aller dans le sens des projections de l’Institut Pasteur ces derniers jours. Attention pour autant : si un pic se dessine, il faudra attendre plusieurs jours pour s’assurer que la tendance est bien la bonne. Et si c’est le cas, il faudra également vérifier si les indicateurs hospitaliers suivent bien la même trajectoire avec une dizaine de jours de décalage. Restera enfin à vérifier la vitesse de décroissance de l’épidémie.

Pour bien comprendre où en est aujourd’hui la France face au Covid-19, Le HuffPost vous propose de regarder les derniers chiffres, mais surtout leur évolution en cartes et en courbes. Un point important à bien avoir en tête avant de poursuivre votre lecture : les données sont toujours publiées dans la soirée. Ainsi, les chiffres à jour ce samedi 15 janvier sont ceux publiés la veille, le vendredi 14 janvier 2022. Il faut également savoir que ce ne sont pas les chiffres du jour, mais ceux à J-1 pour le nombre d’hospitalisations et le nombre de nouveaux cas confirmés. Pour l’incidence et le taux de positivité, ce sont les chiffres du dépistage à J-3 (à la date de réalisation du test) qui sont utilisés.

Les courbes nationales du Covid-19

Vendredi 14 janvier 2022, la Direction générale de la Santé a recensé 329.371 cas positifs, un chiffre équivalent à celui du précédent vendredi, où l’on dénombrait 328.214 cas. Si l’on regarde l’évolution moyenne (sur 7 jours, la courbe bleue), on voit que la cinquième vague, gonflée par les contaminations liées au variant Omicron, semble marquer le pas. Il faut pour autant rester très prudent tant que la tendance ne se confirme pas sur plusieurs jours. 

A Flourish chart

Les chiffres à J-1 sont pratiques pour suivre au plus près l’évolution de l’épidémie, mais sont susceptibles de varier d’une semaine à l’autre en fonction de la rapidité de remontée des résultats. Pour bien s’assurer des tendances, il est préférable de regarder les données publiées par Santé Publique France, qui montrent le nombre de cas à la date du dépistage, avec un retard de trois jours.

Le premier graphique ci-dessous permet de visualiser la part du variant Omicron et du variant Delta dans les cas positifs. Comme on peut le voir, Omicron s’est imposé, mais Delta n’a pas complètement disparu et continue d’entraîner des dizaines de milliers de cas tous les jours…

Lie l’article en entier sur ce site : https://www.huffingtonpost.fr/entry/chiffres-cartes-covid-en-france-15-janvier-2022_fr_61e1bbe4e4b0d8b6656af1d1

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  • Covid : Omicron représente 88% des cas, Delta 69% des réanimations - La Direction de la Recherche, des Études, de l’Évaluation et des Statistiques (Drees) dévoile une nouvelle étude sur le variant du coronavirus - 14/01/2022 19:04 CET – DocumentLe HuffPost’ SCIENCE
    Illustration - Neha Gupta via Getty ImagesSi Omicron représente 88% des cas, Delta représente 69% des réanimations (Photo d’illustration par Neha Gupta via Getty Images)

COVID - Omicron se transmet beaucoup, mais cause moins de formes graves que le variant Delta, c’est le constat qu’ont fait plusieurs études dans le monde ces dernières semaines. Une conclusion que vient à nouveau confirmer la Direction de la Recherche, des Études, de l’Évaluation et des Statistiques (Drees) en France, ce vendredi 14 janvier.

Dans sa dernière étude sur Omicron, dont les données ont été collectées du 3 au 9 janvier, la Drees montre que ce variant représente certes une très large part des cas, mais est moins présent que le Delta dans les cas hospitaliséset en réanimation, qu’il s’agisse de personnes vaccinées ou non.

Le variant Delta représente encore la moitié des entrées à l’hôpital.

’Du 3 au 9 janvier 2022, le variant Omicron représentait environ 88 % des tests positifs et seulement un peu plus de 52 % des entrées en hospitalisation conventionnelle’ https://t.co/q6IHTPsB6Tpic.twitter.com/TBzaZNonn8 - Vincent Glad (@vincentglad) January 14, 2022

Les chiffres montrent ainsi que le variant Omicron représentait, dans la période analysée, 88% des tests positifs mais un peu plus de 52% des hospitalisations seulement. En soins critiques, le pourcentage descend à 31%, ce qui signifie que 69% des entrées en soins critiques peuvent être attribuées au variant Delta.

En outre, les données montrent qu’“en première analyse, les durées d’hospitalisation semblent plus courtes pour le variant Omicron par rapport au variant Delta.”

Surreprésentation des non-vaccinés dans les ”événements liés au Covid”

En ce qui concerne l’impact de la vaccination, la Drees estime que “la protection vaccinale demeure élevée contre les formes graves d’infection au variant Omicron, même si elle est inférieure à celle contre le variant Delta”.

L’organisme s’interroge toutefois sur ce qui pourrait expliquer la moindre sévérité du variant Omicron. Il est évoqué notamment le fait qu’Omicron est arrivé dans un contexte de forte immunité de la population, les personnes déjà infectées, notamment par Delta, pouvant être mieux immunisées contre les formes graves. Il serait aussi davantage représenté dans les populations jeunes et vaccinées que le Delta, ce qui pourrait expliquer leur meilleure résistance aux symptômes, souligne la Drees. 

Dans son étude, la Drees rappelle également qu’il y a “une surreprésentation des personnes non-vaccinées dans les événements liés au Covid par rapport à leur part dans la population générale”.

Plus précisément, l’étude a analysé les données de contaminations entre le 6 décembre 2021 et le 2 janvier 2022 pour les 9% de Français de plus de 20 ans non-vaccinés. Cette part représente 19% des tests PCR positifs chez les personnes symptomatiques, 44% des admissions à l’hôpital avec le Covid-19, 44% des décès après hospitalisation, mais également 58% des admissions en soins critiques.

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  • Le SARS-CoV-2 causant la pandémie de Covid-19 peut persister dans le corps pendant des mois et se disséminer précocement dans le cerveau - Publié le 24 décembre 2021 par Marc Gozlan / son Blog - Illustration - geralt © Pixabay
    Une étude américaine, reposant sur des autopsies de patients décédés de la Covid-19, a consisté à traquer la présence du coronavirus dans de très nombreux organes et tissus du corps humain. Les résultats montrent que le SARS-CoV-2 peut provoquer une infection disséminée et persister dans l’organisme pendant des mois. Le virus peut notamment largement diffuser dans le cerveau à un stade précoce.

Ces travaux ont été publiés le 20 décembre 2021 sur la plateforme de prépublication Research Square du groupe Nature. Il s’agit à ce jour de l’étude autopsique la plus complète dans la mesure où elle fournit des données concernant les différentes catégories de cellules infectées par le SARS-CoV-2 (fonction du tropisme cellulaire du virus), la quantité du virus (quantification de la charge virale) et la persistance dans le corps, notamment dans le cerveau.

Daniel Chertow et ses collègues des Instituts américains de la santé (NIH, Bethesda, Maryland) ont réalisé l’autopsie de 44 individus décédés de la Covid-19 dans les 230 jours (plus de sept mois) suivant le début des symptômes. Ces patients sont morts durant la première année de la pandémie.

Les autopsies ont été réalisées entre fin avril 2020 et début mars 2021. L’âge moyen des patients décédés était de 59 ans. Les auteurs précisent que plus de 95 % d’entre eux présentaient une comorbidité, le plus souvent de l’hypertension artérielle, de l’obésité, une maladie respiratoire chronique. L’intervalle moyen entre le début des symptômes et le décès était de 35 jours.

Plusieurs techniques ont été utilisées pour détecter la présence du SARS-CoV-2 : amplification du génome viral par PCR, l’hybridation in situ (méthode permettant de localiser le matériel génétique du virus au sein des cellules d’un tissu), l’immunohistochimie (qui détecte des protéines du virus dans les cellules d’un tissu). Les chercheurs ont également utilisé la technique PCR pour détecter des ARN sous-génomiques (ARNsg). La détection de ces formes d’ARN messager, issues de la transcription d’une fraction de l’ARN du génome viral, témoigne de la réplication du virus dans les cellules.

Dans certains cas, les biologistes moléculaires ont confirmé la présence dans certains sites extra-pulmonaires de virus SARS-CoV-2 capables de se répliquer en réussissant à l’isoler dans des cultures cellulaires.

Enfin, chez six individus, les biologistes ont étudié la diversité génétique des virions SARS-CoV-2 en utilisant l’amplification du génome viral et le séquençage génomique. Les cas autopsiques ont été classés en précoces, moyens ou tardifs, selon que le décès est intervenu après le début des symptômes dans un délai inférieur à 14 jours, entre 15 et 30 jours plus tard ou après le 31e jour.

Le virus SARS-CoV-2 a été détecté dans chacun des 44 cas autopsiques analysés et dans 75 localisations anatomiques sur les 85 étudiées. La charge virale la plus élevée a été détectée dans l’appareil respiratoire des cas précoces, tout en étant à un haut niveau dans chacun des tissus analysés chez de nombreux patients décédés précocement. Globalement, la charge virale était moins importante chez les patients du groupe moyen et plus encore de ceux du groupe tardif. Même dans ce dernier groupe, une persistance à bas niveau de l’ARN viral a été détectée dans de nombreux tissus chez tous les patients, et ce bien que le virus soit demeuré indétectable dans le plasma.

Persistance de l’ARN viral de longue durée

Les chercheurs soulignent que l’ARN du SARS-CoV-2 a été détecté dans le cerveau des six individus décédés tardivement. Chez cinq d’entre eux, le virus était présent dans la plupart des régions cérébrales analysées, notamment chez un patient décédé 230 jours après le début des symptômes.

Chez 43 des 44 cas autopsiques, l’ARN viral a été détecté dans le tissu respiratoire. Il a été trouvé dans le tissu cardiovasculaire dans 35 cas sur 44, dans le tissu lymphoïde dans 38 cas, dans le tissu de l’appareil reproducteur dans 17 cas, dans le muscle, la peau et le tissu nerveux périphérique dans 30 cas, dans le tissu oculaire et d’humeurs dans 22 cas et dans le tissu cérébral dans 10 des 11 cas analysés.

Les chercheurs rapportent avoir par ailleurs détecté les ARN sous-génériques (ARNsg), indicateurs d’une réplication virale, dans tous les tissus analysés, en particulier parmi le patients décédés précocement (14 cas sur 17, soit dans plus de 82 % des cas). Parmi les patients des groupes moyen et tardif, la présence d’ARN sous-génomiques a été respectivement détectée chez environ 61 % et 42 % des cas.

Le virus a été isolé dans les cultures cellulaires de nombreux sites pulmonaires et extra-pulmonaires, parmi lesquels le poumon, les bronches, les fosses nasales (cornets nasaux), le cœur, les ganglions lymphatiques intra-thoraciques, l’intestin grêle et les glandes surrénales chez les cas décédés dans les sept premiers jours après le début des symptômes.

Compartimentalisation génétique entre les sites pulmonaires et extra-pulmonaires

Les biologistes moléculaires ont analysé les séquences génomiques codant la protéine spike présentes dans 46 tissus provenant de 6 individus. Il ressort que les populations virales ayant disséminé chez ces patients étaient relativement homogènes, sans changement dans les codons de la protéine spike. Cela dit, les chercheurs ont remarqué chez certains patients du groupe précoce une diversité intra-individuelle.

Ainsi, chez un individu, des différences génétiques notables ont été observées dans les virus résidant dans les poumons et ceux présents dans le cerveau. Une mutation (D80F) a été détectée dans 31 échantillons pulmonaires analysés mais dans aucune des séquences virales détectées au niveau du cerveau. Parmi celles-ci, certaines étaient en revanche porteuses d’une mutation (G1219V), absente dans d’autres tissus. Chez un autre individu, alors que 4 525 séquences de la protéine spike analysées étaient identiques, une mutation a été préférentiellement détectée dans des sites extra-pulmonaires, notamment dans les ventricules cardiaques et les ganglions lymphatiques intra-thoraciques.

Ces résultats suggèrent qu’il existe chez certains individus une « compartimentalisation génétique » entre les sites pulmonaires et non pulmonaires (dont le cerveau), autrement dit une réplication indépendante du virus dans ces sites. De rares études antérieures avaient déjà rapporté une diversité intra-individuelle de bas niveau.

Persistance du SARS-CoV-2 dans de multiples sites anatomiques

https://asset.lemde.fr/prd-blogs/2021/12/06064423-arn-in-situ-sites-extra-pulmonaires-sars-cov-2-covid-19-autopsie-persistance-dissemination-tissus-organes.jpg

Photo - Détection de l’ARN du SARS-CoV-2 par hybridation in situ dans de nombreux sites extra-pulmonaires. A : Thyroïde : cellules folliculaires. B : Œsophage : épithélium stratifié et capillaires du stroma. C : Rate. D : Appendice. E : Surrénale : cellules sécrétrices endocrines. F : Ovaire : cellules stromales. G : Testicule : cellules de Sertoli et cellules germinales matures dans les tubes séminifères. H : Endomètre : épithélium glandulaire et cellules stromales. Chertow D, et al. ResearchSquare [Preprint]. 20 Dec, 2021.

Les chercheurs ont utilisé l’hybridation in situ (technique permettant de détecter une séquence génétique sur une coupe histologique de tissu), sur six types cellulaires provenant de l’ensemble des organes prélevés lors des autopsies. Les résultats indiquent que, selon les cas, l’ARN codant la protéine spike a été détecté dans le cœur (cellules musculaires, endothélium, muscles lisses des vaisseaux), dans le péricarde (enveloppe entourant le cœur). De même, un signal positif a été détecté dans l’aorte (cellules de l’intima, en contact direct avec le sang). Cet ARN viral était également présent à l’intérieur de globules blancs (leucocytes mononucléés) présents dans la rate, l’appendice et l’épithélium du côlon. La détection de l’ARN de la protéine spike représente soit le témoin d’une infection virale, soit la présence du virus phagocyté dans les macrophages présents dans ces organes.

De nombreuses cellules d’autres organes contenaient l’ARN de la protéine spike, tels que l’épithélium de l’œsophage, des cellules du foie (dont les cellules de Kupffer, les hépatocytes et l’épithélium des canaux biliaires), des amas lymphoïdes du côlon. Il en était de même dans le rein (cellules des tubules rénaux et vaisseaux des glomérules où a lieu la formation de l’urine primitive, élaborée à partir du sang filtré).

Les cellules endocrines de la thyroïde et glandulaires du pancréas renfermaient également cet ARN viral, de même que des cellules de l’appareil reproducteur (cellules de Leydig et de Sertoli dans les testicules, cellules germinales dans les tubes séminifères, épithélium glandulaire de l’endomètre, cellules musculaires du muscle utérin). Idem pour les myocytes, cellules du muscle squelettique. Sans oublier l’endothélium vasculaire, qui tapisse l’intérieur de l’ensemble des vaisseaux de l’organisme.

Détection de l’ARN codant la protéine spike dans le cerveau

Au niveau cérébral, l’ARN de la protéine spike a été détecté dans les neurones, les cellules gliales (cellules de soutien) et l’endothélium des vaisseaux cérébraux dans tous les lobes cérébraux des patients des groupes précoce, moyen et tardif. Cet ARN a également été trouvé dans le cervelet (neurones, cellules de Purkinje, endothélium vasculaire).

Sur le plan histologique, les anatomopathologistes ont notamment observé une atteinte alvéolaire diffuse au niveau pulmonaire et au niveau cardiaque des infiltrats inflammatoires dans le myocarde. De minuscules caillots sanguins (micro-thrombi) ont également été décrits, de même qu’un appauvrissement du nombre de lymphocytes (lymphodépletion) dans les ganglions lymphatiques et dans la rate. Peu de changements morphologiques notables ont été observés à l’examen histologique du cerveau des 11 cas étudiés.

Les chercheurs insistent sur la rareté d’une inflammation significative en dehors de l’appareil pulmonaire, même chez les patients décédés à un stade tardif de l’infection, plusieurs mois après le début des symptômes. 

De précédentes études avaient rapporté la présence de l’ARN viral dans certains sites extra-pulmonaires. Cette étude est cependant plus informative dans la mesure où elle a permis de détecter et de quantifier les niveaux de charge virale, mais également d’isoler le virus dans des cultures cellulaires. En résumé, elle montre que « le coronavirus dissémine à un haut niveau dans le corps et dans le cerveau à un stade précoce de l’infection ». Et les auteurs de souligner que « la réplication virale se produit dans des sites extra-pulmonaires durant la première semaine suivant le début des symptômes ».

Cette étude confirme les résultats d’études antérieures qui avaient détecté la présence de l’ARN du SARS-CoV-2 dans le cœur, les ganglions lymphatiques, l’intestin grêle et les surrénales. Ces nouveaux résultats montrent donc que le SARS-CoV-2 est effectivement capable d’infecter et de se répliquer dans ces tissus, mais également d’autres sites extra-pulmonaires tels que le côlon, les tissus lymphoïde et oculaire. Et les chercheurs de souligner que bien que les patients au stade tardif présentent au niveau pulmonaire une moindre quantité de SARS-CoV-2 que les patients précoces, leurs taux de charge virale sont similaires dans les tissus pulmonaires et extra-pulmonaires.

Les chercheurs précisent avoir détecté des ARN sous-génomiques dans au moins un tissu dans plus de la moitié des cas (14 sur 27), au-delà de la deuxième semaine après le début des symptômes, ce qui suggère l’existence d’une réplication virale prolongée (jusqu’à 99 jours dans les sites extra-pulmonaires).

Dissémination du virus même chez les patients décédés d’une forme asymptomatique ou légère de Covid

Bien que cette cohorte soit principalement composée de formes sévères de Covid-19, elle comptait deux personnes décédées à un stade précoce de l’infection (par embolie pulmonaire à domicile et du fait de complications fatales liées à une comorbidité). Ces deux patients présentaient cependant déjà une infection disséminée, avec détection de l’ARN du SARS-CoV-2 dans l’ensemble du corps, dont le cerveau, et détection d’ARN sous-génomiques dans de nombreux sites.

Selon les auteurs, ces résultats suggèrent que l’importante dissémination du virus dans l’organisme est la conséquence d’une virémie précoce (présence du virus dans le sang) et que le virus parvient au cerveau en franchissant la barrière hémato-méningée. Selon eux, la réplication virale peut donc survenir à un stade précoce de Covid-19, même en cas d’infection asymptomatique ou de forme légère de la maladie.

On attribue généralement certains mécanismes sous-tendant la survenue de symptômes prolongés faisant suite à une infection par SARS-CoV-2 (baptisés Covid-longue ou Covid long) à une réaction inflammatoire généralisée ou locale. Or les auteurs de cette étude font remarquer que leurs résultats sont largement en faveur d’une persistance du virus et qu’ils n’ont pas observé d’inflammation significative en dehors de l’appareil pulmonaire, ceci même parmi les patients décédés plusieurs mois après le début des symptômes. Et de conclure que mieux comprendre la physiopathologie des symptômes prolongés faisant suite à une infection par SARS-CoV-2 pourrait déboucher sur une amélioration de la prise en charge des patients présentant des troubles séquellaires.

Marc Gozlan (Suivez-moi sur Twitter, Facebook, LinkedIn)

Pour en savoir plus :

Chertow D, Stein S, Ramelli S, et al. SARS-CoV-2 infection and persistence throughout the human body and brain. ResearchSquare [Preprint] Posted 20 Dec, 2021

D’Agnillo F, Walters KA, Xiao Y, et al. Lung epithelial and endothelial damage, loss of tissue repair, inhibition of fibrinolysis, and cellular senescence in fatal COVID-19. Sci Transl Med. 2021 Nov 17 ;13(620):eabj7790. doi : 10.1126/scitranslmed.abj7790

Yao XH, Luo T, Shi Y, He ZC, et al. A cohort autopsy study defines COVID-19 systemic pathogenesis. Cell Res. 2021 Aug ;31(8):836-846. doi : 10.1038/s41422-021-00523-8

Lythgoe KA, Hall M, Ferretti L, et al. SARS-CoV-2 within-host diversity and transmission. Science. 2021 Apr 16 ;372(6539):eabg0821. doi : 10.1126/science.abg0821

Valesano AL, Rumfelt KE, Dimcheff DE, et al. Temporal dynamics of SARS-CoV-2 mutation accumulation within and across infected hosts. PLoS Pathog. 2021 Apr 7 ;17(4):e1009499. doi : 10.1371/journal.ppat.1009499

Bhatnagar J, Gary J, Reagan-Steiner S, et al. Evidence of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Replication and Tropism in the Lungs, Airways, and Vascular Endothelium of Patients With Fatal Coronavirus Disease 2019 : An Autopsy Case Series. J Infect Dis. 2021 Mar 3 ;223(5):752-764. doi : 10.1093/infdis/jiab039

Gaebler C, Wang Z, Lorenzi JCC, et al. Evolution of antibody immunity to SARS-CoV-2. Nature. 2021 Mar ;591(7851):639-644. doi : 10.1038/s41586-021-03207-w

Dorward DA, Russell CD, Um IH, et al. Tissue-Specific Immunopathology in Fatal COVID-19. Am J Respir Crit Care Med. 2021 Jan 15 ;203(2):192-201. doi : 10.1164/rccm.202008-3265OC

Puelles VG, Lütgehetmann M, Lindenmeyer MT, et al. Multiorgan and Renal Tropism of SARS-CoV-2. N Engl J Med. 2020 Aug 6 ;383(6):590-592. doi : 10.1056/NEJMc2011400

Matschke J, Lütgehetmann M, Hagel C, et al. Neuropathology of patients with COVID-19 in Germany : a post-mortem case series. Lancet Neurol. 2020 Nov ;19(11):919-929. doi : 10.1016/S1474-4422(20)30308-2

Schurink B, Roos E, Radonic T, et al. Viral presence and immunopathology in patients with lethal COVID-19 : a prospective autopsy cohort study. Lancet Microbe. 2020 Nov ;1(7):e290-e299. doi : 10.1016/S2666-5247(20)30144-0

Tonkin-Hill G, Martincorena I, Amato R, et al ; Wellcome Sanger Institute COVID-19 Surveillance Team. Patterns of within-host genetic diversity in SARS-CoV-2. Elife. 2021 Aug 13 ;10:e66857. doi : 10.7554/eLife.66857

Remmelink M, De Mendonça R, D’Haene N, et al. Unspecific post-mortem findings despite multiorgan viral spread in COVID-19 patients. Crit Care. 2020 Aug 12 ;24(1):495. doi : 10.118

Lire aussi : covid-19 : persistance du sars-cov-2 dans l’intestin trois mois après le début des symptômes

Catégories : Anatomopathologie, Virologie – Étiquettes : appareil respiratoire, ARN sous-génomiques, autopsie, cerveau, charge virale, coronavirus, Covid long, Covid longue, Covid-19, dissémination virale, hybridation in situ, immunohistochimie, organes, persistance de l’ARN viral, poumon, SARS-CoV-2, tissus, tropisme cellulaire

4 réponses sur “Covid-19 : le SARS-CoV-2 peut persister dans le corps pendant des mois et se disséminer précocement dans le cerveau”

  • Pierre de Guilhermier 25 décembre 2021 à 21:20
    Article très intéressant à mettre en relation avec les covid longs. Cette diffusion extra pulmonaire avec réplication locale du SARS-CoV-2 notamment au niveau cérébral est-elle spécifique ou bien observe-t-on le même phénomène avec d’autres virus à tropisme respiratoire telle la grippe, le VRS, d’autres coronavirus ? Votre avis documenté m’intéresse. Joyeux Noël bonne année.

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    • Marc Gozlan 25 décembre 2021 à 21:40
      Le virus de la rougeole, autre virus respiratoire, simple-brin enveloppé à ARN, peut rarement provoquer une pathologie du système nerveux central. La panencéphalite subaiguë sclérosante (PESS) est une encéphalite rare, due à la persistance du virus de la rougeole au niveau cérébral. Ce virus est dit défectif car il a perdu une de ses protéines.
      La PESS est caractérisée par une démyélinisation des neurones cérébraux (anomalies localisées de la substance blanche sous-corticale et périventriculaire). La recherche d’anticorps antirougeoleux dans le liquide céphalo-rachdien permet de faire le diagnostic. La PESS évolue en moyenne sur un à trois ans. Elle est constamment fatale. Cet article en accès libre pour en savoir plus : Gutierrez J, et al. Subacute sclerosing panencephalitis : an update. Dev Med Child Neurol. 2010 Oct ;52(10):901-7.

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  • Popper 25 décembre 2021 à 22:54
    Merci pour vos publications et en particulier pour vos synthèses sur le SARS-CoV-2, si utiles en cette période. Puis-je me permettre de compléter en ajoutant que le virus de la rougeole peut être responsable de deux complications supplémentaires : l’encéphalite aiguë post éruptive (1/1000 cas) et l’encéphalite subaiguë à inclusion qui survient chez les immunodépressifs ?

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    • Marc Gozlan 25 décembre 2021 à 23:43
      Quelques précisions sur le délai d’apparition des complications neurologiques de la rougeole, dominées par les encéphalites qui revêtent trois types bien distincts :
      – L’encéphalite aiguë post-éruptive survient de trois à sept jours après l’apparition du rash.
      – L’encéphalite subaiguë à inclusions, complication exceptionnelle, survient généralement chez des enfants immunodéprimés dans un délai allant de cinq à six semaines à six mois après une rougeole banale.
      – La panencéphalite subaiguë sclérosante est une encéphalite progressive chronique, liée à la persistance du virus de la rougeole dans le système nerveux central. Elle survient généralement deux ans après la primo-infection, la période de latence allant de 1 à 15 ans dans les cas les plus extrêmes.

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Ce blog est celui d’un médecin de formation, journaliste par vocation.
J’y traite de l’actualité en médecine et biologie avec un focus sur les cas cliniques récemment publiés les plus étranges, déroutants, hallucinants, exceptionnels, incroyables, inoubliables. Mon désir est de vous surprendre, toujours avec sérieux et bonne humeur. Pour en savoir plus sur l’auteur- Pour contacter l’auteur

Source : https://www.lemonde.fr/blog/realitesbiomedicales/2021/12/24/covid-19-le-sars-cov-2-peut-persister-dans-le-corps-pendant-des-mois-et-disseminer-precocement-dans-le-cerveau/

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  • Le variant Omicron est en pleine expansion. Voici ce que nous avons appris jusqu’à présent : la nouvelle version du coronavirus peut échapper à certains anticorps, mais les rappels peuvent être utiles. Traduction du 16 janvier 2022 par Jacques Hallard d’un article de Erin Garcia de Jesús en date du 21/12/2022, publié par ‘sciencenews.org’ Health & Medicinesous le titre « The omicron variant is surging. Here’s what we’ve learned so far  » ; accès à l’original sur ce site : https://www.sciencenews.org/article/omicron-coronavirus-covid-variant-severity-antibodies - Photo
    L’omicron se propageant rapidement dans des pays comme l’Afrique du Sud, le Royaume-Uni et les États-Unis, les habitants des endroits les plus touchés, comme la ville de New York (photo du 15 décembre), font la queue pour se faire dépister pour le COVID-19. David Dee Delgado/Getty Images

L’omicron se propageant dans le monde entier à une vitesse vertigineuse, les scientifiques s’efforcent d’en apprendre le plus possible sur la dernière variante inquiétante du coronavirus. Repéré pour la première fois en Afrique du Sud et au Botswana à la fin du mois de novembre, le virus omicron est déjà en passe de devenir la variante dominante - détrônant le virus delta - dans certaines régions, selon les responsables de la santé publique. Dans certains endroits, c’est déjà le cas. Les réponses à ces questions, notamment le degré de maladie de l’omicron et la capacité des vaccins à l’enrayer, ne peuvent donc pas arriver assez vite.

Une marée montante de données sur l’omicron commence à donner un aperçu de ce qui nous attend à l’aube de la troisième année de la pandémie mondiale, mais de nombreuses questions subsistent. Alors que de nombreuses personnes s’apprêtent à se réunir avec leur famille et leurs amis pour les fêtes, les experts s’attendent à de nouvelles flambées de cas, aggravées par les taux d’infection déjà élevés dans certains pays liés à la variante delta, toujours répandue.

La collision d’Omicron avec les fêtes de fin d’année et les voyages constitue ’une tempête parfaite’, a déclaré Thomas Denny, expert en vaccins à l’université de Duke, le 16 décembre lors d’une conférence de presse. À ce stade, même les personnes vaccinées devraient prendre des précautions, comme porter des masques à l’intérieur et faire des tests avant les réunions de famille, a-t-il ajouté. ’Cette nouvelle variante nous a envoyé une balle courbe au pire moment possible’.

Pourtant, malgré les inquiétudes, des signaux positifs montrent que les vaccins peuvent encore protéger les gens contre le pire du COVID-19. Alors que de nombreux pays se précipitent vers une saison d’omicron, voici ce que les chercheurs ont appris jusqu’à présent.

L’omicron se propage rapidement, dépassant déjà le delta dans certains pays.

Le nombre élevé de mutations d’Omicron dans des protéines virales importantes et les signes indiquant que la variante était à l’origine d’une augmentation des cas de COVID-19 en Afrique du Sud ont rapidement déclenché des signaux d’alarme, précipitant la pandémie dans un nouveau tsunami d’incertitude (SN : 12/1/21).

Dans les semaines qui ont suivi l’apparition de l’omicron, la variante a été identifiée dans plus de 85 pays. Certains, comme le Danemark, ont identifié des cas antérieurs à la révélation de la présence d’omicron par les chercheurs sud-africains, ce qui laisse penser que la variante avait déjà franchi les frontières de son pays d’origine avant sa découverte en novembre. Dans beaucoup de ces endroits, les infections à omicron augmentent rapidement.

Omicron est responsable de presque tous les nouveaux cas de COVID-19 en Afrique du Sud et constitue déjà la version prédominante du coronavirus à Londres. Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies estime que l’omicron sera la variante la plus courante dans l’Union européenne à la mi-janvier.

Aux États-Unis, l’omicron semble désormais régner. Selon les prévisions des Centres américains de contrôle et de prévention des maladies, cette variante était responsable d’environ 73,2 % des nouvelles infections dans le pays au cours de la semaine se terminant le 18 décembre. Il s’agit d’une augmentation par rapport aux 12,6 % estimés la semaine précédente et aux 0,7 % de la semaine se terminant le 4 décembre. L’omicron représente maintenant environ 92 % des nouveaux cas à New York et au New Jersey et 96,3 % à Washington, en Oregon et en Idaho.

Des données antérieures suggéraient que les estimations de la prévalence d’Omicron faites plus tôt en décembre étaient plus faibles. Il faut du temps pour collecter et analyser les virus à partir d’échantillons de patients, a déclaré Bronwyn MacInnis, directrice de la surveillance des agents pathogènes au Broad Institute du MIT et de Harvard, lors d’un appel téléphonique aux journalistes le 14 décembre. Les chiffres peuvent donc ’changer rapidement au fur et à mesure que les machines fournissent des données en temps réel’.

En gardant cela à l’esprit, l’omicron est susceptible d’aggraver la flambée qui se déroule à travers les États-Unis. Certains endroits, dont la ville de New York, connaissent déjà des pics importants de cas de COVID-19 et les chiffres augmentent rapidement. Il faut actuellement environ deux jours pour que le nombre de cas omicron double, a déclaré Rochelle Walensky, directrice des CDC, le 15 décembre lors d’un point de presse à la Maison Blanche. Le delta hautement infectieux, en comparaison, doublait toutes les deux semaines au début de sa poussée aux États-Unis (SN : 7/2/21).

La question était de savoir si omicron allait concurrencer delta pour la domination mondiale. Aujourd’hui, des études concrètes montrent que l’omicron est en train de s’imposer dans de nombreuses régions. Des données préliminaires provenant du Royaume-Uni montrent que l’omicron est environ 3,2 fois plus susceptible de se propager dans les foyers que le delta, ont rapporté le 9 décembre des chercheurs de Public Health England, une agence sanitaire britannique.

Et les personnes exposées à l’omicron peuvent tomber malades plus rapidement - et donc être en mesure de propager le virus plus tôt - que les personnes exposées à d’autres variantes. L’analyse d’une épidémie d’omicron survenue lors d’une fête de Noël organisée par une entreprise en Norvège a révélé que le délai médian d’apparition des symptômes chez une personne exposée lors de la fête était de trois jours, ont rapporté des chercheurs le 16 décembre dans Eurosurveillance. Il faut un peu plus de temps pour

Les raisons de la propagation rapide de l’omicron sont encore floues. Cela pourrait être dû au fait que l’omicron est plus transmissible que le delta ou qu’il peut esquiver certaines parties de la réponse immunitaire. Ou, plus probablement, un mélange des deux, explique Kartik Chandran, virologue à l’Albert Einstein College of Medicine de New York. Certaines études préliminaires réalisées sur des cellules cultivées en laboratoire indiquent que la variante omicron pourrait être plus transmissible que la variante delta, mais on ne sait pas encore dans quelle mesure. L’une des raisons pourrait être que la nouvelle variante pourrait faire plus de copies d’elle-même dans les cellules hôtes que les autres variantes.

Omicron pourrait également se répliquer particulièrement bien dans les cellules bronchiques - qui tapissent les tubes qui amènent l’air aux poumons - par rapport à la façon dont il se développe dans le tissu pulmonaire, ont rapporté des chercheurs le 15 décembre dans des données préliminaires de l’Université de Hong Kong. Si le virus se développe bien dans les cellules bronchiques, des symptômes comme la toux pourraient libérer beaucoup de virus dans l’air.

On ne sait pas encore si l’omicron provoque une maladie plus bénigne.

Les résultats obtenus à Hong Kong pourraient indiquer que l’omicron est moins susceptible que des variantes comme la delta d’envahir les poumons des personnes infectées et de provoquer une maladie grave, mais cela est loin d’être définitif. ’Je ne pense pas que l’on puisse vraiment dire que le virus va être moins virulent sur la base de ces seules données’, déclare Chandran. ’Nous allons devoir attendre et voir ce qui arrive aux gens’.

Certains indices encourageants en provenance d’Afrique du Sud laissent penser que l’omicron pourrait provoquer une maladie moins grave que celle provoquée par le delta. Mais les experts préviennent qu’il est bien trop tôt pour tirer des conclusions solides.

’Nous ne devons pas nous laisser bercer par une quelconque complaisance’, a déclaré le 14 décembre Ryan Noach, PDG de Discovery Health, un fournisseur d’assurance maladie basé en Afrique du Sud, lors d’une conférence de presse.

L’optimisme vient du fait que les hospitalisations en Afrique du Sud n’augmentent pas aussi rapidement que lors des précédentes flambées. De plus, des rapports anecdotiques en provenance du pays suggèrent que moins de patients hospitalisés dans la vague actuelle dépendent d’interventions médicales pour respirer, comme l’oxygène supplémentaire.

Ces informations s’accompagnent toutefois d’une mise en garde importante : plus de 70 % des habitants ont été exposés au coronavirus au cours des 18 derniers mois, a précisé M. Noach. La protection conférée par les infections antérieures, ou les vaccinations, pourrait expliquer pourquoi ces personnes ont tendance à présenter des symptômes plus légers.

Les experts doivent voir ce qui se passe dans d’autres parties du monde avant de conclure que l’omicron est un virus moins virulent que les autres variantes, a déclaré Glenda Gray, présidente et directrice générale du Conseil sud-africain de la recherche médicale, lors de la conférence de presse du 14 décembre. La surveillance de la gravité des cas de COVID-19 dans les endroits où les taux de vaccination et d’infection sont faibles sera particulièrement instructive, a-t-elle ajouté.

Selon une étude réalisée au Royaume-Uni, rien n’indique jusqu’à présent que l’omicron puisse provoquer des cas de COVID-19 plus légers ou plus graves que le delta, rapportent les chercheurs le 17 décembre. Les données sur les hospitalisations dans ce pays sont toutefois encore limitées.

Même si l’omicron est finalement lié à une maladie moins grave, cela ne signifie pas qu’il n’est pas dangereux. Un plus grand nombre d’infections signifie globalement un plus grand nombre d’hospitalisations et de décès, même si les résultats graves représentent une proportion plus faible des cas omicron qu’avec delta.

Aux États-Unis, où le delta dominait jusqu’à récemment, les deux variantes sont en train de s’affronter, ce qui fait craindre que cette dernière vague ne se transforme en tsunami dans certains endroits.

’Notre vague delta est en cours et, en fait, elle s’accélère’, a déclaré Jacob Lemieux, médecin spécialiste des maladies infectieuses au Massachusetts General Hospital et à la Harvard Medical School de Boston, lors d’une conférence téléphonique avec des journalistes le 14 décembre. ’En plus de cela, nous allons ajouter une poussée d’omicrons. C’est alarmant car nos hôpitaux sont déjà remplis. Le personnel est fatigué. Nous sommes presque deux ans après le début de la pandémie, et il se peut qu’il y ait des limites à la capacité de gérer le genre de cas que nous voyons à partir d’une vague omicron superposée à une poussée delta.’

Omicron peut échapper à certains anticorps

Avant même que l’omicron ne commence à se propager largement, les scientifiques se sont immédiatement inquiétés de la possibilité qu’il puisse se cacher de certains anticorps attaquant le virus. Des études récentes suggèrent que oui, le virus peut échapper à certaines parties du système immunitaire. Mais comme nos défenses immunitaires sont multidimensionnelles, tout n’est pas si noir.

Cette inquiétude provenait initialement du fait que l’omicron présente plus de 50 mutations dans diverses protéines virales. Plus de 30 de ces mutations concernent la protéine spike du coronavirus, qui aide le virus à pénétrer dans les cellules et constitue une cible importante pour les anticorps.

Depuis le 7 décembre, une série d’études, qui doivent encore être examinées par d’autres scientifiques, sont venues étayer l’hypothèse selon laquelle l’omicron peut échapper à la réponse immunitaire, en montrant que certains anticorps ne reconnaissent pas très bien l’omicron.

Par exemple, chez les personnes vaccinées avec deux doses du vaccin COVID-19 fabriqué par Pfizer et son partenaire allemand BioNTech, les niveaux de protéines immunitaires appelées anticorps neutralisants qui empêchent le virus d’infecter de nouvelles cellules étaient 41 fois inférieurs à ceux des anticorps dirigés contre une version plus ancienne du virus dont la prévalence a augmenté au milieu de l’année 2020, rapportent les chercheurs dans une étude préliminaire publiée le 11 décembre sur medRix.org. En revanche, les personnes précédemment infectées qui ont été vaccinées ont une longueur d’avance (SN : 8/19/21). L’étude a montré que les niveaux d’anticorps contre l’omicron étaient plus faibles chez les personnes qui avaient reçu deux doses du vaccin de Pfizer que chez les personnes vaccinées de manière similaire qui s’étaient remises d’une infection antérieure.

Les résultats sont conformes à ceux de plusieurs autres études portant sur d’autres vaccins autorisés aux États-Unis - ceux de Moderna et de Johnson & Johnson - ainsi que sur des vaccins utilisés dans le monde entier. L’ampleur globale de la baisse des anticorps diffère d’une étude à l’autre, mais toutes présentent le même schéma. Les anticorps des personnes qui avaient été infectées auparavant mais non vaccinées sont également peu performants contre l’omicron.

Qui plus est, les mutations en pointe de l’omicron peuvent rendre moins efficaces les traitements utilisant des anticorps conçus en laboratoire, appelés anticorps monoclonaux, rapportent les chercheurs dans une étude préliminaire publiée le 14 décembre sur medRxiv.org. Sur les neuf anticorps monoclonaux actuellement utilisés en clinique, seuls deux ont neutralisé l’omicron dans des cellules cultivées en laboratoire.

La bonne nouvelle est qu’un autre traitement, une pilule de Pfizer appelée Paxlovid, qui n’a pas encore été approuvée, devrait encore fonctionner contre la nouvelle variante, a déclaré la société dans un communiqué de presse du 14 décembre.

Les lymphocytes T pourraient être plus efficaces contre l’omicron que les anticorps neutralisants. Cependant, les anticorps neutralisants qui circulent dans le sang ne sont qu’une petite partie de la réponse immunitaire. Un autre bras semble largement intact.

Les cellules immunitaires appelées cellules T peuvent soit lancer l’appel aux armes lorsqu’elles détectent le coronavirus, soit être capables de tuer les cellules infectées. Les cellules T parcourent l’organisme à la recherche de signes du coronavirus. Les cellules identifient les fragments de protéines virales en effectuant des poignées de main cellulaires pour vérifier si les cellules envoient des signaux d’alarme indiquant que le coronavirus a envahi le corps. Un signal d’alarme fait passer la réponse immunitaire à la vitesse supérieure.

Il semble qu’un grand nombre des fragments viraux reconnus par les lymphocytes T ne soient pas les parties de l’omicron présentant des mutations, indiquent les chercheurs dans une étude préliminaire publiée le 9 décembre sur bioRxiv.org, ce qui signifie que les cellules immunitaires contribueront probablement encore à protéger les personnes contre une maladie grave.

L’Omicron semble plus susceptible de provoquer des réinfections que le delta.

L’immunité contre l’infection diminue dans les mois qui suivent. Ce phénomène, combiné à la capacité d’évasion immunitaire de l’omicron, a augmenté la probabilité que des personnes précédemment infectées le soient à nouveau.

Des données provenant du Royaume-Uni, par exemple, indiquent que les personnes rétablies ont cinq fois plus de chances d’être infectées par l’omicron que par le delta, rapportent des chercheurs de l’Imperial College de Londres le 19 décembre.

Il semble que ce soit également le cas en Afrique du Sud. Les personnes qui ont attrapé le virus lors de la première vague sud-africaine, qui était due à une variante appelée D614G, ont 73 % plus de chances d’être réinfectées par l’omicron que les personnes sans infection antérieure connue. Ce chiffre est supérieur au risque de 29 % plus élevé pour les personnes rétablies en septembre et octobre 2021, lorsque le delta était prévalent dans cette région. Les personnes infectées lors de la deuxième vague causée par la variante bêta courent un risque plus élevé de 60 %, contre 27 % en septembre et octobre.

Les vaccins pourraient être moins efficaces contre la variante omicron, mais les rappels sont porteurs d’espoir.

Les premières études suggèrent que les vaccins nous protègent encore, surtout après une injection de rappel.

Les études en laboratoire sur les réponses des anticorps neutralisants indiquent que la protection conférée par les vaccins ou une infection antérieure pourrait être diminuée. Un grand nombre de ces mêmes études suggèrent qu’une troisième dose renforce les anticorps jusqu’à des niveaux qui devraient protéger contre l’omicron.

Les rappels peuvent même offrir une meilleure protection que les premières injections, car l’organisme produit des anticorps qui ont évolué pour mieux reconnaître le virus chaque fois que nous sommes exposés à ses protéines, explique M. Chandran. Ainsi, après un rappel, l’organisme ne se contente pas de produire davantage d’anticorps, il en produit de meilleurs (SN : 24/11/20). Mais comme la réponse immunitaire aux infections est complexe et varie d’une personne à l’autre, les experts s’appuient sur des études menées dans le monde réel pour en avoir le cœur net.

Une étude menée en Afrique du Sud, par exemple, a révélé que l’efficacité de deux doses du vaccin Pfizer pour stopper l’infection est passée de 80 % avant l’omicron à 33 % pendant l’omicron. La baisse de l’efficacité du vaccin pour prévenir les hospitalisations a été moins spectaculaire. Avant l’omicron, l’efficacité du vaccin était de 93 % ; elle est tombée à 70 % lors de la nouvelle vague.

’Il est très encourageant de voir ces résultats’, a déclaré M. Gray, du Conseil sud-africain de la recherche médicale, lors de la conférence de presse du 14 décembre. Bien que l’étude n’ait pas examiné l’effet des rappels, une autre dose devrait permettre de rétablir l’efficacité des vaccins, a-t-elle ajouté. Les analyses visant à comparer une ou deux doses du vaccin COVID-19 de J&J sont en cours et devraient donner des résultats prochainement, a ajouté Mme Gray.

Les résultats sont similaires aux premières estimations réalisées au Royaume-Uni, qui montrent que le vaccin Pfizer à deux doses est efficace à environ 30 % contre les symptômes. Une dose de rappel a augmenté l’efficacité de 70 à 75 pour cent, selon les données de Public Health England. Il reste cependant beaucoup d’incertitudes, car ces résultats sont basés sur un faible nombre de cas. Au fur et à mesure que le temps passe et que le nombre de personnes infectées augmente, les chercheurs obtiendront de meilleures estimations.

En attendant, l’inquiétude suscitée par l’omicron a déclenché une vague d’activité. Partout dans le monde, les gens renforcent leur protection par des vaccins, des masques et des tests COVID-19 avant les fêtes. Les experts s’attendent à ce que les vaccins permettent aux personnes vaccinées d’éviter l’hôpital. Mais comme de nombreuses personnes ne sont toujours pas vaccinées aux États-Unis, seul le temps dira si le début de l’année 2022 sera aussi dévastateur que le début de l’année 2021.

’Nous sommes maintenant dans la vague omicron jusqu’à la taille’, a déclaré M. Lemieux, médecin spécialiste des maladies infectieuses, lors d’un appel téléphonique avec des journalistes le 20 décembre. La grande question est de savoir quelle sera l’ampleur de la vague omicron du pays et quel impact elle aura sur le système de soins de santé.

Voir toute notre couverture de l’épidémie de coronavirus > See all our coverage of the coronavirus outbreak

Editor’s Note : This story was updated December 21, 2021, to clarify the description of omicron’s estimated percentage of new cases in the United States as of December 18.

Citations

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L.T. Brandal et al. Outbreak caused by the SARS-CoV-2 Omicron variant in Norway, November to December 2021. Eurosurveillance. Vol 26, December 16, 2021. doi : 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.50.2101147.

N. Ferguson et al. Report 49 : Growth, population distribution and immune escape of Omicron in England. Imperial College London. Posted December 16, 2021.

European Centre for Disease Prevention and Control. Assessment of the further emergence and potential impact of the SARS-CoV-2 Omicron variant of concern in the context of ongoing transmission of the Delta variant of concern in the EU/EEA, 18th update. Posted December 15, 2021.

The University of Hong Kong. HKUMed finds Omicron SARS-CoV-2 can infect faster and better than Delta in human bronchus but with less severe infection in lung. Press release. Posted December 15, 2021.

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H. Gruell et al. mRNA booster immunization elicits potent neutralizing serum activity against the SARS-CoV-2 omicron variant. medRxiv.org. Posted December 14, 2021. doi : 10.1101/2021.12.14.21267769.

Pfizer. Pfizer announces additional phase 2/3 study results confirming robust efficacy of novel COVID-19 oral antiviral treatment candidate in reducing risk of hospitalization or death. Press release. Posted December 14, 2021.

Discovery Health. Discovery Health, South Africa’s largest private health insurance administrator, releases at-scale, real-world analysis of Omicron outbreak based on 211000 COVID-19 test results in South Africa, including collaboration with the South Africa. Press release. Posted December 14, 2021.

F. Schmidt et al. Plasma neutralization properties of the SARS-CoV-2 Omicron variant. medRxiv.org. Posted December 13, 2021. doi : 10.1101/2021.12.12.21267646.

S. Cele et al. SARS-CoV-2 Omicron has extensive but incomplete escape of Pfizer BNT162b2 elicited neutralization and requires ACE2 for infection. medRxiv.org. Posted December 11, 2021. doi : 10.1101/2021.12.08.21267417.

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A.D. Redd et alMinimal cross-over between mutations associated with Omicron variant of SARS-CoV-2 and CD8+ T cell epitopes identified in COVID-19 convalescent individuals. bioRxiv.org. Posted December 9, 2021. doi : 10.1101/2021.12.06.471446.

South African Medical Research Council. Tshwane District omicron variant patient profile - early features. Press release. Posted December 4, 2021.

About Erin Garcia de Jesús E-mailTwitter- Erin Garcia de Jesus is a staff writer at Science News. She holds a Ph.D. in microbiology from the University of Washington and a master’s in science communication from the University of California, Santa Cruz.

À propos d’Erin Garcia de Jesús – Elle est rédactrice à ‘Science News. Elle est titulaire d’un doctorat en microbiologie de l’Université de Washington et une maîtrise en communication scientifique de l’Université de Californie, Santa Cruz.

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  • Omicron nous oblige à repenser les tests et les traitements du COVID-19 : le nouveau variant a des conséquences sur les tests rapides et les traitements par anticorps. Traduction du 16 janvier 2022 par Jacques Hallard d’un article de Tina Hesman Saey et Laura Sanders en date du 11/01/2022 publié par ‘sciencenews.org’ sous le titre « Omicron forces us to rethink COVID-19 testing and treatments » ; accès à l’original sur ce site : https://www.sciencenews.org/article/covid-coronavirus-omicron-variant-testing-treatment
    Photo - Omicron, la variante rapide qui fait le tour du monde, met à mal certains aspects des tests et des traitements. Ici, des personnes font la queue pour des tests à Washington, D.C., le 5 janvier. Eric Lee/Bloomberg via Getty Images

Nouvelle année, nouveau variant. En ce début d’année 2022, l’omicron, une version à évolution rapide du virus responsable du COVID-19, est bien avancé dans sa marche à travers le monde. Au 11 janvier, un nombre record de 145 982 personnes ont été hospitalisées aux États-Unis avec un cas confirmé ou suspect de COVID-19. Et des centaines de milliers de personnes attrapent le coronavirus chaque jour.

’Il y a beaucoup d’activité en ce moment aux [États-Unis], et nous le constatons par le nombre astronomique de nouveaux cas’, explique Preeti Malani, médecin spécialiste des maladies infectieuses à l’Université du Michigan à Ann Arbor. ’Omicron nous tient occupés’.

La biologie unique d’Omicron est à l’origine de maux de tête tant pour les tests que pour les traitements destinés à éviter les hospitalisations. Les chercheurs font la course pour comprendre Omicron et cette nouvelle phase de la pandémie (SN : 21/12/21). Les réponses ne sauraient tarder.

Le variant est plus transmissible que les versions précédentes du coronavirus. Selon une étude préliminaire menée par des chercheurs allemands et britanniques, la transmissibilité de l’omicron est de 160 à 200 % supérieure à celle du delta. Cela s’explique principalement par le fait que l’omicron se réplique dans l’organisme et rend les gens malades plus rapidement que le delta. Avec delta, il faut environ quatre jours après l’infection pour que les symptômes apparaissent. L’omicron produit des symptômes en trois jours environ, ont appris les chercheurs grâce aux épidémies d’Oslo et du Nebraska.

Heureusement, l’omicron semble moins susceptible que les versions précédentes du coronavirus de provoquer des infections pulmonaires profondes entraînant des complications graves, telles que l’admission dans des unités de soins intensifs, l’intubation et la mort. Mais la recrudescence des cas signifie que des personnes vulnérables, notamment les personnes non vaccinées, immunodéprimées, âgées ou souffrant de problèmes de santé sous-jacents, atterrissent encore dans des lits d’hôpitaux.

’Les systèmes de soins de santé sont vraiment sous pression’, explique Mme Malani.

La clé pour éviter l’effondrement des systèmes de soins de santé est d’empêcher les gens de se rendre aux urgences et d’être admis à l’hôpital. Les tests et l’isolement des personnes infectées ont permis d’endiguer les précédentes vagues d’infection, mais l’omicron se propage rapidement et les tests de toutes sortes se font rares. Et aussi rapides que soient les tests, ils ne permettent pas toujours de détecter une personne atteinte de l’omicron avant qu’elle ne devienne infectieuse. De plus, certains traitements, comme les anticorps monoclonaux fabriqués en laboratoire, ne sont pas aussi efficaces contre l’omicron qu’ils ne l’étaient contre d’autres variantes. D’autres traitements, notamment les nouvelles pilules antivirales, sont rares.

’Il est certain que ces deux semaines vont être difficiles, et peut-être même plus longues’, déclare Mme Malani.

Voici un aperçu de certains des défis que pose le variant omicron pour les tests et les traitements.

Les tests à l’heure de l’omicron

Les tests PCR quotidiens et les tests antigéniques rapides ont permis à de nombreux employeurs de tuer les épidémies dans l’œuf en identifiant les employés infectés et en les isolant avant qu’ils ne puissent transmettre le virus à d’autres personnes, explique Blythe Adamson, épidémiologiste et économiste spécialisée dans les maladies infectieuses. Elle a fondé Infectious Economics, une société basée à New York qui aide les entreprises à élaborer des stratégies pour limiter la propagation des maladies sur le lieu de travail.

Mais l’omicron a entravé ces efforts. Dans une étude menée en décembre pendant la vague d’omicron en cours, Mme Adamson et ses collègues ont testé des personnes sur cinq lieux de travail à New York, Los Angeles et San Francisco avec des tests PCR qui ont donné des réponses en huit heures. ’Cette population était vaccinée à 100 %.... et elle était fortement stimulée, donc elle faisait tout ce qu’il fallait’, explique M. Adamson. Pourtant, les employés continuaient à être infectés et à propager le virus.

Sur les lieux de travail, ’les épidémies de type omicron avaient un aspect très différent de celui des épidémies de type delta’, explique-t-elle. ’Alors que les tests PCR quotidiens avant omicron fonctionnaient très bien pour détecter les cas avant qu’ils ne soient infectieux, nous avons commencé à remarquer [avec omicron] que des personnes passaient entre les mailles du filet. Les transmissions se faisaient plus rapidement. Les gens devenaient infectieux plus rapidement et le transmettaient à d’autres personnes.’

Les tests d’antigènes rapides ont donc été ajoutés au mélange. Même après avoir trouvé un test positif, les chercheurs ont continué à tester les employés tous les jours, ce qui leur a permis d’avoir un aperçu sans précédent des infections au COVID-19 dans les premiers stades et de déterminer si les tests d’antigènes rapides sont toujours utiles pour repérer le moment où les personnes atteintes du COVID-19 sont infectieuses pour les autres.

Il y a quelques semaines, les tests d’antigènes rapides étaient considérés comme assez bons pour dire si une personne est capable d’infecter d’autres personnes, répondant à la question ’Êtes-vous infectieux maintenant ?’. (SN : 17/12/21). Mais de nouvelles preuves apportées par le groupe d’Adamson et une étude menée sur un site de test sans rendez-vous à San Francisco remettent en cause ces performances antérieures remarquables.

Le problème semble se situer au début de l’infection.

Le groupe d’Adamson a constaté qu’au cours des deux premiers jours de l’infection, les tests PCR, qui détectent l’ARN viral, ont diagnostiqué des infections que les tests antigéniques rapides n’ont pas diagnostiquées. Ce n’est pas inhabituel. En fait, lors de précédentes épidémies de COVID-19 avec d’autres variantes, Adamson s’est appuyé sur les tests PCR pour détecter les infections avant qu’elles ne deviennent contagieuses. Mais dans 28 des 30 infections omicron de l’étude, les personnes produisaient des niveaux infectieux du virus, mais les écouvillons nasaux avec les tests d’antigènes rapides ne détectaient pas les cas contagieux. En fait, dans quatre cas vérifiés, des personnes dont les tests d’antigène rapide étaient négatifs ont transmis le virus à d’autres personnes, rapportent Adamson et ses collègues le 4 janvier sur medRxiv.org. Ces travaux n’ont pas encore été examinés par d’autres scientifiques.

Il correspond toutefois à d’autres résultats. Sur un site de dépistage sans rendez-vous de San Francisco, le test rapide d’antigène BinaxNOW fabriqué par Abbott a permis de détecter des cas où les personnes présentaient des niveaux élevés de virus. Mais le test n’a pas donné d’aussi bons résultats lorsque les personnes étaient à la limite de l’infectiosité, rapportent des chercheurs de Unidos en Salud, un partenariat communautaire avec des institutions universitaires dont l’UCSF, le Chan Zuckerberg Biohub et l’Université de Californie, Berkeley, dans une préimpression publiée le 10 janvier sur medRxiv.org.

L’une des caractéristiques qui émergent à propos de l’omicron en particulier est l’endroit où il vit dans le corps. Par rapport aux variantes précédentes, l’omicron semble être plus abondant dans certaines zones des voies respiratoires supérieures, comme la gorge, que dans le nez, du moins dans les premiers jours d’une infection. Cela signifie qu’un écouvillon nasal peut manquer d’omicron au début, avant que les niveaux viraux ne soient élevés.

Le groupe d’Adamson a constaté qu’au cours des deux premiers jours de l’infection, les écouvillons salivaires étaient plus efficaces que les écouvillons nasaux pour détecter les cas infectieux. Au troisième jour, en particulier si les personnes présentaient des symptômes, il n’y avait pas de différence dans la capacité des tests antigéniques rapides à détecter l’infection, que l’écouvillon provienne de la salive ou du nez, explique Adamson. Cela confirme les résultats préliminaires d’une étude réalisée à Hong Kong, selon laquelle les écouvillons salivaires sont plus efficaces pour détecter l’omicron que les écouvillons nasaux. Cette étude a été publiée le 24 décembre sur medRxiv.org. Elle n’a pas non plus été vérifiée par d’autres scientifiques.

Récemment, le fils de Wachter présentait les symptômes du COVID-19 mais a été testé négatif lors d’un test standard d’écouvillonnage nasal à domicile. Au vu de la liste des symptômes, Wachter n’était pas convaincu. Il a prévu de faire un prélèvement dans la gorge de son fils. ’Lorsque je pense à aller tester mon fils ce matin, je me dis que je vais le mettre dans sa bouche avant de le mettre dans son nez, ce qui est un peu dégoûtant’, a déclaré M. Wachter à Science News. Il l’a quand même fait et, comme de juste, le test était positif.

Les tests à domicile disponibles n’ont cependant pas été approuvés pour cet usage, et le mouvement de la gorge n’est pas approuvé par les fabricants de tests ni par la Food and Drug Administration américaine. Dans un tweet du 8 janvier, l’agence a écrit : ’S’il vous plaît, n’enfoncez pas cet écouvillon de test #COVID19 dans votre gorge’.

De plus, selon Joshua Gans, économiste à l’Université de Toronto qui a étudié le test COVID-19, ’il est difficile de se faire un écouvillon dans la gorge car il faut le faire là où se trouvent les amygdales.’ Sans compter que de nombreuses personnes ont un réflexe nauséeux lorsqu’on leur écouvillonne la gorge. Néanmoins, l’écouvillonnage de la gorge suivi d’un écouvillonnage du nez avec ce même coton-tige est recommandé au Royaume-Uni pour un test rapide.

Manger ou boire avant d’effectuer un écouvillonnage de la gorge peut produire des faux positifs sur certains tests antigéniques rapides, mais n’a aucun effet sur les écouvillons nasaux, ont rapporté des chercheurs en octobre dans Microbiology Spectrum. Mais, dans l’ensemble, les faux positifs des tests antigènes sont rares, rapportent Gans et ses collègues le 7 janvier dans JAMA. Bien sûr, il s’agissait d’écouvillons nasaux. Les chercheurs n’ont pas testé les écouvillons de gorge.

’Les tests d’antigènes ne sont pas parfaits’, dit Malani. ’Mais ils sont assez spécifiques. Si c’est positif, vous êtes positif.’

Le problème se pose maintenant si votre test antigénique rapide est négatif. Avec l’omicron, vous ne pouvez plus être sûr que vous n’êtes pas infectieux, dit Adamson. ’Avec l’omicron, vous ne voudriez pas organiser un mariage de 300 personnes où vous testeriez tout le monde avec un antigène rapide. Avec la prévalence d’omicron dans la communauté, vous auriez absolument un événement de superspreading.’

Les dernières nouveautés en matière de traitement

Comme dans le cas des versions précédentes du virus, la plupart des personnes malades de l’omicron se rétabliront d’elles-mêmes à la maison, en suivant les conseils habituels pour se mettre à l’abri : repos, prise de liquides et de médicaments pour faire baisser la fièvre. Mais certaines personnes ont besoin d’une aide médicale plus importante, et l’omicron a modifié ce processus. Avec les cas d’omicron qui inondent les hôpitaux et les cabinets médicaux, les traitements sont essentiels pour prévenir les maladies graves.

À première vue, l’aide est à portée de main. Fin décembre, deux nouvelles pilules orales ont été autorisées par la FDA : le molnupiravir de Merck et le Paxlovid de Pfizer. Ces deux médicaments, ainsi que le remdesivir, un antiviral, ont été conçus pour empêcher les coronavirus de se copier dans l’organisme. Les trois médicaments semblent résister à l’omicron dans les tests de laboratoire, ont indiqué les chercheurs dans une préimpression publiée le 28 décembre sur bioRxiv.org, mais il n’existe pas encore de données indiquant comment les médicaments fonctionnent dans le monde réel, en particulier contre la variante à évolution rapide.

Le molnupiravir réduit d’environ 30 % le risque d’hospitalisation d’une personne (SN : 12/2/21). Mais comme le médicament agit en introduisant des mutations génétiques dans l’ARN viral, il est possible que le molnupiravir provoque également des mutations dans les gènes humains. Cela en fait un choix particulièrement risqué pour les femmes enceintes ou susceptibles de l’être, explique Katherine Seley-Radtke, chimiste médicale à l’université du Maryland, Baltimore County. Des études sur des animaux de laboratoire ont montré que des doses élevées ou une utilisation prolongée du médicament peuvent provoquer des mutations génétiques ou des problèmes de développement chez les fœtus. Il n’y a pas eu d’études à long terme sur les effets du molnupiravir sur les personnes.

Les autres antiviraux ont leurs propres problèmes. Le remdesivir est autorisé pour les personnes hospitalisées, mais des données récentes suggèrent qu’il peut aider les personnes à haut risque à ne pas être hospitalisées, selon des chercheurs publiés le 22 décembre dans le New England Journal of Medicine. Le remdesivir bloque la réplication virale en insérant un bloc de construction d’ARN factice qui empêche la copie de l’ARN. Le problème de ce médicament est qu’il doit être administré par voie intraveineuse, mais son fabricant, Gilead Sciences, travaillerait sur des formes de remdesivir sous forme de pilules et d’inhalation.

Le remdesivir présente un autre inconvénient : il doit être transformé dans l’organisme en sa forme active. Cela fonctionne mieux pour certaines personnes que pour d’autres et peut avoir une incidence sur la capacité du médicament à maîtriser le coronavirus, selon Mme Seley-Radtke.

Pour certaines personnes, le meilleur choix de traitement pourrait être la nouvelle pilule antivirale de Pfizer. Lors des essais cliniques, le Paxlovid, un médicament combiné qui bloque une enzyme coupeuse de protéines dont le coronavirus a besoin pour se répliquer, a réduit de 88 % les hospitalisations et les décès chez les personnes à haut risque. Il ne présente pas les risques de mutation associés au molnupiravir, mais il pourrait poser des problèmes lorsqu’il est administré à des personnes prenant d’autres médicaments.

En effet, Paxlovid contient également un médicament appelé ritonavir. Le ritonavir bloque l’action des enzymes qui décomposent les médicaments, ce qui maintient les niveaux de l’inhibiteur du virus dans l’organisme à un niveau élevé afin qu’il puisse combattre le virus. Mais les enzymes que le ritonavir inhibe traitent également d’autres médicaments, de sorte que les gens peuvent accidentellement faire une overdose de leurs autres médicaments. Les médecins et les pharmaciens doivent être très attentifs à ces interactions médicamenteuses lorsqu’ils prescrivent du Paxlovid à leurs patients, indique Mme Seley-Radtke.

Photo - Le Paxlovid, illustré, est un traitement contre le coronavirus autorisé par la FDA qui agit contre l’omicron, mais l’offre est rare.Pfizer Inc.

Il y a cependant un obstacle plus important pour le Paxlovid. Il n’y en a pas assez pour tout le monde, d’autant plus que les hospitalisations se multiplient. ’C’est une situation classique de pénurie’, dit M. Wachter. À l’UCSF, ’nous avons une bonne quantité du médicament de Merck. Nous avons très peu de Paxlovid’, dit-il.

’Si j’ai le choix, le médicament de Pfizer me semble meilleur à tous les égards, plus efficace et plus facile à prendre’, dit M. Wachter. ’Mais pour l’instant, nous le rationnons fortement’. Un grand nombre des personnes qui ont le plus besoin du traitement ne sont pas vaccinées - une situation qui ’soulève tout un tas de questions morales, à savoir qu’elles passeraient avant quelqu’un qui a fait un meilleur choix’, dit Wachter. Ce cadre de rationnement est ’difficile à appréhender, mais il n’est pas incompatible avec la façon dont nous pratiquons le reste de la médecine’, ajoute-t-il. ’Nous ne traitons pas un patient atteint d’un cancer du poumon différemment selon qu’il a fumé ou non’.

Un autre obstacle pour les médicaments antiviraux est qu’ils fonctionnent mieux s’ils sont administrés très tôt dans l’infection, idéalement dans les trois jours suivant le début des symptômes. Or, l’omicron se réplique plus rapidement que le delta ou d’autres versions antérieures du virus, ce qui peut rendre la fenêtre de traitement encore plus courte, selon Seley-Radtke.

On ne sait pas encore ce que cette accélération signifie pour une autre classe de traitements, les anticorps monoclonaux. La protéine spike hautement mutée d’Omicron est dépourvue de nombreuses cibles que visent certains anticorps monoclonaux. Deux des trois traitements à base d’anticorps monoclonaux dont l’utilisation a été autorisée aux États-Unis semblent échouer avec l’omicron. Sur les trois, un seul, appelé sotrovimab, semble neutraliser la protéine spike de l’omicron. Dérivé d’une personne qui a survécu à une infection par le virus du SRAS-CoV en 2003, le sotrovimab reconnaît encore la protéine spike mutée de l’omicron et la désarme, selon des tests de laboratoire. Cette étude, publiée le 15 décembre sur medRxiv.org, n’a pas été examinée par d’autres scientifiques.

Mais le sotrivimab est extrêmement difficile à obtenir pour le moment, selon Malani et Wachter. ’Nous n’en avons pratiquement pas, il n’est donc pas sur la liste pour l’instant’, explique M. Wachter. Cette rareté et d’autres facteurs ’rendent la promesse de ces médicaments potentiellement plus théorique que réelle’, dit-il.

Avec le temps, les tests et les traitements COVID-19 deviendront plus abondants.

Le gouvernement américain s’est engagé à distribuer un demi-milliard de tests rapides dans les semaines à venir, par exemple. Mais Omicron n’attend pas.

’Nous sommes coincés par le fait que le présent et le mois à venir sont assez horribles’, déclare M. Wachter. Et aussi prometteurs que semblent être certains tests et traitements, la logistique peut encore déjouer les plans. ’Puis-je faire un test ? Puis-je trouver un médecin ? Puis-je obtenir une ordonnance ? La pharmacie a-t-elle le médicament ?’ dit Wachter. ’Et toutes ces réponses sont du type ’Non. Non. Peut-être. Continuez à rappeler. Essayez une autre pharmacie. Dans la vraie vie, tout cela est très difficile.’

Citations

B. Adamson et al. Discordant SARS-CoV-2 PCR and rapid antigen test results when infectious : A December 2021 occupational case series. medRxiv.org. Posted January 5, 2022. doi : 10.1101/2022.01.04.22268770.

A. Netzl et al. Analysis of SARS-CoV-2 omicron neutralization data up to 2021-12-22. bioRxiv.org. Posted January 3, 2022. doi : 10.1101/2021.12.31.474032.

D. Bojkova et al. Reduced interferon antagonism but similar drug sensitivity in omicron variant compared to delta variant SARS-CoV-2 isolates. bioRxiv.org. Posted January 4, 2022. doi : 10.1101/2022.01.03.474773.

A. Cathcart et al. The dual function monoclonal antibodies VIR-7831 and VIR-7832 demonstrate potent in vitro and in vivo activity against SARS-CoV-2. bioRxiv.org. Posted December 15, 2021. doi : 10.1101/2021.03.09.434607.

J. Abbasi. Omicron has reached the US–Here’s what infectious disease experts know about the variant. JAMA. December 28, 2021.

J.S. Gans, A. Goldfarb and A.K. Agrawal. False-positive results in rapid antigen tests for SARS-CoV-2. JAMA. Published online January 7, 2022. doi:10.1001/jama.2021.24355.

J. Schrom et al. Direct comparison of SARS Co-V-2 nasal RT- PCR and rapid antigen test (BinaxNOWTM) at a community testing site during an omicron surge. medRxiv.org. Posted January 10, 2022. doi : 10.1101/2022.01.08.22268954.

R.L. Gottlieb et al. Early remdesivir to prevent progression to severe COVID-19 in outpatients. New England Journal of Medicine. December 22, 2021. doi : 10.1056/NEJMoa2116846.

G. Patriquin et al. Generation of false-positive SARS-CoV-2 antigen results with testing conditions outside manufacturer recommendations : A scientific approach to pandemicmisinformation. Microbiology Spectrum. October 20, 2021. doi : 10.1128/Spectrum.00683-21.

S. Abbott et al. Estimation of the test to test distribution as a proxy for generation interval distribution for the Omicron variant in England. medRxiv.org. Posted January 10, 2022. doi : 10.1101/2022.01.08.22268920.

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Source : https://www.sciencenews.org/article/covid-coronavirus-omicron-variant-testing-treatment

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  • Institut Pasteur - Impact du variant Omicron sur l’épidémie de Covid-19 en France durant l’hiver 2021-2022 - Dernière mise à jour le 12 janvier 2022 – Document ‘modelisation-covid19.pasteur.fr’
    Dans un rapport daté du 27 décembre 2021, nous utilisons un modèle mathématique pour évaluer l’impact possible de l’épidémie d’Omicron en fonction des hypothèses sur la sévérité de l’infection Omicron et sur l’efficacité vaccinale face à ce variant ainsi que des stratégies de contrôle mises en oeuvre (campagne de rappel et de primo-vaccination, vaccination des enfants, renforcement des mesures non-pharmaceutiques, changements des comportements).

Dans un rapport daté du 7 janvier 2022, avec davantage de recul, nous réduisons le nombre de scénarios envisagés et projetons l’impact de la vague Omicron sur les besoins en lits d’hospitalisation conventionnelle et de soins critiques.

Pour en savoir plus :

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  • Les virus sont-ils vivants, non vivants ou quelque chose entre les deux ? Et quelle importance cela a-t-il ? Nous parlons souvent de la façon de tuer le coronavirus, mais selon la plupart des définitions, les virus ne sont pas considérés comme vivants. Traduction du 17 janvier 2022 par Jacques Hallard d’un article de Megan Scudellari en date du 1er novembre 2021 9:00 am, publié par ‘‘sciencenews.org’ MicrobesCentury of ScienceMicrobessous le titre « Are viruses alive, not alive or something in between ? And why does it matter ? Original accessible sur ce site : https://www.sciencenews.org/article/viruses-alive-coronavirus-definition - Photo - Yuichiro Chino/Moment/Getty Images – By Villain. Killer. Menace.
    Depuis 2020, les scientifiques et les responsables publics utilisent ces mots pour décrire le SRAS-CoV-2, le virus à l’origine du COVID-19. Les articles de presse, les documents de recherche et les tweets présentent le virus comme un méchant qui veut nous tuer.

Dans le même temps, nous nous efforçons de le tuer, en nous lavant les mains, en utilisant des lingettes antiseptiques, des désinfectants pour les mains, de l’eau de Javel, et même des robots qui éclairent les chambres d’hôpital avec des rayons ultraviolets. Pourtant, selon la plupart des scientifiques, nous avons travaillé dur pour tuer quelque chose qui n’est pas vivant.

Les scientifiques se disputent depuis des centaines d’années sur la manière de classer les virus, explique Luis Villarreal, professeur émérite à l’université de Californie, à Irvine, où il a fondé le ‘Center for Virus Research’. Dans les années 1700, on pensait que les virus étaient des poisons. Dans les années 1800, on les appelait des particules biologiques. Au début des années 1900, ils ont été rétrogradés au rang de produits chimiques inertes.

Au fil du temps, les virus ont rarement été considérés comme vivants. Il existe aujourd’hui plus de 120 définitions de la vie, et la plupart nécessitent un métabolisme, un ensemble de réactions chimiques qui produisent de l’énergie. Les virus ne métabolisent pas. Ils ne répondent pas non plus à d’autres critères courants. Ils n’ont pas de cellules. Ils ne peuvent pas se reproduire de manière indépendante. Les virus sont des paquets inertes d’ADN ou d’ARN qui ne peuvent pas se répliquer sans une cellule hôte. Un coronavirus, par exemple, est une sphère à l’échelle nanométrique composée de gènes enveloppés dans une enveloppe grasse et parée de protéines de pointes (Spike).

Pourtant, les virus présentent de nombreuses caractéristiques des êtres vivants. Ils sont constitués des mêmes éléments constitutifs. Ils se répliquent et évoluent. Une fois à l’intérieur d’une cellule, les virus modifient leur environnement en fonction de leurs besoins, en construisant des organites et en dictant les gènes et les protéines que la cellule fabrique. On a découvert récemment que des virus géants - dont la taille rivalise avec celle de certaines bactéries - contenaient des gènes de protéines utilisées dans le métabolisme, ce qui laisse supposer que certains virus pourraient avoir un métabolisme.

De plus, presque toutes les règles qui excluent les virus du monde des vivants ont leurs propres exceptions. Par exemple, la bactérie Rickettsia est considérée comme vivante mais, comme les virus, elle ne peut se multiplier qu’au sein d’autres cellules. En fait, tous les êtres vivants dépendent d’autres êtres vivants. Un seul lapin ne peut pas se répliquer tout seul, mais un lapin est bel et bien vivant, non ?

Pour ces raisons et d’autres encore, le débat sur la question de savoir si les virus sont vivants ou non se poursuit aujourd’hui. En 2004, les virologues Marc H.V. Van Regenmortel, de l’université de Strasbourg (France), et Brian Mahy, qui travaillait alors aux centres américains de contrôle et de prévention des maladies, ont défini les virus comme des ’entités infectieuses non vivantes dont on peut dire, au mieux, qu’elles mènent une sorte de vie empruntée’.

Ou peut-être qu’un virus peut être à la fois non vivant et vivant.

En 2011, le biologiste Patrick Forterre, de l’Institut Pasteur de Paris, a soutenu que les virus alternent entre un état inactif (à l’extérieur d’une cellule) et un état vivant, métaboliquement actif (à l’intérieur d’une cellule) qu’il appelle la virocellule.

Pour Forterre, les virus sont comme des graines ou des spores. Ils ont un potentiel d’action et ce potentiel peut être éteint. Cela correspond en tout cas à l’expérience que nous avons acquise en investissant du temps et de l’argent à n’en plus finir pour tenter de tuer le VIH, le Zika, le SRAS-CoV-2 et bien d’autres encore.

black and white microscope image of viruses

Photo - https://www.sciencenews.org/wp-content/uploads/2021/10/spotlight_virus_inline1.jpg

La complexité génétique de certains virus géants, comme le Tupanvirus présenté ci-dessus, a incité certains chercheurs à se demander si les virus devraient être classés dans la catégorie des organismes non vivants. Signalé en 2018, ce virus possède un livre d’instructions génétiques plus volumineux que celui de certaines bactéries. J. Abrahão et al/Nature Communications 2018

Si les débats sur la classification peuvent parfois sembler frivoles, en réalité, la façon dont nous parlons des virus affecte la manière dont ils sont recherchés, traités et éradiqués.

Personnifier les virus comme des méchants et des menaces interfère avec une réelle compréhension de l’évolution et de la nature, explique Colin Hill, spécialiste des maladies infectieuses à l’University College Cork en Irlande. Les virus les plus efficaces sont persistants et bénins ; ils restent dormants dans les cellules ou se reproduisent lentement, afin de ne pas endommager les mécanismes de réplication de la cellule. ’Les virus et leurs proies ne se battent pas, ils dansent’, explique M. Hill. Pourtant, c’est rarement ainsi que nous les percevons.

De plus, comme les virus sont souvent classés parmi les organismes non vivants, de nombreux types d’infections virales - en particulier lorsque les virus réussissent à coloniser un hôte de manière persistante, tout au long de sa vie, sans provoquer de maladie aiguë - sont ignorés comme une science ’en retrait’, déclare Villarreal.

’C’est comme si vous aviez de la terre sur vos chaussures’, dit-il. Comme cette saleté, certains scientifiques considèrent les infections virales persistantes comme une simple nuisance qu’il n’est pas urgent d’étudier. Par exemple, un virus à ADN appelé polyomavirus est couramment utilisé dans les laboratoires pour étudier comment les virus provoquent le cancer. Pourtant, comme les macaques rhésus hôtes de ce virus ne développent que rarement, voire jamais, de tumeurs, on sait peu de choses sur la manière dont le polyomavirus persiste dans une population animale.

Or, la compréhension de telles infections est extrêmement importante pour l’humanité. ’Un virus persistant chez un hôte est souvent assez méchant chez un autre hôte, et c’est ce que nous vivons avec COVID’, explique M. Villarreal.

Les virus ont également été négligés à d’autres égards. Prenons l’exemple de l’arbre de vie, un modèle et un outil de recherche utilisé pour décrire l’évolution dans le temps. Les virus sont régulièrement laissés de côté, y compris dans des versions populaires telles que l’Arbre de vie interactif. Sans les virus, on ne peut pas comprendre pleinement les mécanismes de l’évolution, explique M. Hill.

’Les virus et leurs proies ne se battent pas, ils dansent’. - Colin Hill, spécialiste des maladies infectieuses

Les virus sont extrêmement abondants. Ils infectent toute la vie cellulaire, des bactéries unicellulaires aux éléphants, et ils sont particulièrement denses dans l’océan, où ils fonctionnent comme un gigantesque réseau de recyclage, déchirant chaque jour 20 % des bactéries et autres microbes qui s’y trouvent pour libérer des tonnes de carbone, qui sont ensuite utilisées par d’autres micro-organismes pour se développer.

Partout dans le monde, les virus ne se contentent pas d’infecter les cellules, ils laissent derrière eux du matériel génétique. L’ADN viral est transmis non seulement d’une particule virale à sa progéniture, mais aussi à d’autres virus et à d’autres espèces. De ce fait, les séquences génétiques virales se sont installées de façon permanente dans les génomes de tous les organismes, y compris le nôtre, et nous en dépendons. L’ADN viral est nécessaire à la formation du placenta des mammifères ; il est crucial pour la croissance des premiers embryons ; et le système immunitaire inné de l’homme est constitué, en partie, d’anciennes protéines virales. Lorsqu’une personne combat le COVID-19, elle le fait avec l’aide de virus qui ont colonisé nos cellules il y a longtemps.

En fait, certains scientifiques considèrent que les virus sont la principale source d’innovation génétique au monde. Les virus ne sont pas une branche manquante de l’arbre de la vie ; ils sont tissés dans chaque branche et chaque feuille.

Les scientifiques peuvent toujours se disputer sur la question de savoir si les virus sont vivants ou non, mais ils peuvent, espérons-le, s’accorder sur l’importance des virus pour la vie telle que nous la connaissons. ’Quelle que soit la façon dont on conçoit la vie, les virus seront toujours là’, déclare M. Villarreal.

Articles apparentés :

LifeEnter the VirosphereBy Rachel Ehrenberg September 25, 2009

Poisonous PartnershipBy David Shiga February 22, 2005

MicrobesThe vast virome

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Source : https://www.sciencenews.org/article/viruses-alive-coronavirus-definition

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Complements actualisés sur les variants


Contenu :


  • Covid-19 - Que sait-on des nouveaux variants Epsilon et Lambda ? - Ouest-France Paul GRATIAN. Publié le 07/07/2021 à 14h26
    Deux nouveaux variants, détectés en Californie et au Pérou ont été classés comme étant « à suivre » par l’Organisation mondiale de la santé. Contagiosité, résistance aux vaccins… Voici ce que l’on sait à ce jour alors que ces deux variants sont sous haute surveillance.

À mesure que l’épidémie de coronavirus se poursuit, les lettres de l’alphabet grec continuent d’être égrenées pour désigner les nouveaux variants. Voici donc les variants Epsilon et Lambda, deux mutations, observées respectivement en Californie et au Pérou, classés comme « à suivre » par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).

Toujours en cours d’examen, ils pourraient bientôt être classés « variants préoccupants », catégorie dans laquelle figurent les variants alpha (dit anglais ou britannique), bêta (dit sud-africain), gamma (dit brésilien) et delta (dit indien).

Suivez notre direct consacré à l’épidémie de coronavirus ce 7 juillet.

Le variant Epsilon, plus transmissible et plus résistant aux vaccins

Le variant Epsilon a été observé pour la première fois en Californie au printemps 2020. Selon le site Outbreak, 49 221 cas ont depuis été observés dans le monde, dans plus d’une quarantaine de pays. En France, deux cas ont été repérés en région PACA et un en région Île-de-France. Ce variant est désigné par deux lignages : B.1.427 et B.1.429.

Selon de premières études scientifiques, ce variant Epsilon serait plus transmissible que la souche d’origine. Il résisterait mieux aux anticorps que l’organisme produit après deux doses de vaccin à ARN message (Pfizer, Moderna…). Ce qui nécessiterait donc peut être une troisième dose de cas vaccins.

On ignore en revanche s’il est plus virulent. Des études scientifiques sont en cours pour confirmer toutes les propriétés de ce variant.

Le variant Lambda contient une mutation « inhabituelle » et rendrait le vaccin moins efficace

Le variant Lambda, a lui été observé au Pérou en décembre 2020. Depuis, il est largement dominant dans le pays et il inquiète en Amérique du Sud.

Il a été détecté 2 217 fois dans 32 pays dont la France, toujours selon le site Outbreak. Son nom de lignage est C.37.

Il trouve sa spécificité dans sa mutation. Comme l’a expliqué Jeff Barrett, directeur d’un institut de recherche génomique à Londres, ce variant « présente un ensemble inhabituel de mutations ». Ces mutations pourraient le rendre plus contagieux, même si des études sont encore en cours. Comme pour le variant Epsilon, on ignore si le variant Lambda est plus dangereux.

Le principal motif d’inquiétude est sa résistance à la réponse immunitaire (après un vaccin ou après une infection) qui serait plus importante que celle des autres variants. Des études ont montré que le vaccin CoronaVac (développé en Chine et très utilisé en Amérique du Sud) était moins efficace avec ce variant.

Source : https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/covid-19-que-sait-on-des-nouveaux-variants-epsilon-et-lambda-cd86534c-def9-11eb-8946-f8f2f967b95a

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  • Alpha, Delta, Omicron... Quelles différences entre tous les variants du Covid-19 ? - Audrey Parmentier - Publié le 17/12/2021 à 12:32
    Deux ans après l’arrivée de la souche historique, d’autres variants ont afflué dans le monde pour tenter de devenir majoritaire. Retour sur leurs caractéristiques.

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Alpha, Delta, Omicron... Depuis le début de la pandémie, les lettres grecques se succèdent. Au fil du temps, le Covid-19 joue de toutes les ruses pour s’adapter à son environnement et se propager dans le monde. Dans le paysage épidémique, d’autres variants ont aussi tenté de tirer leur épingle du jeu. En vain. Afin de mieux s’y retrouver à l’intérieur de cette jungle de mutants, l’Organisation mondiale de la Santé classe les variants d’intérêts ou à suivre et les variants préoccupants. Au sein de la dernière catégorie, on retrouve cette série noire : Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron. Tous ont comme point commun de s’être propagés dans au moins une région du monde. En fonction des connaissances scientifiques dont on dispose actuellement, il est possible de résumer les caractéristiques de chaque variant et d’établir leur niveau de dangerosité. 

  • Le variant Alpha
    Autrefois appelé variant anglais, il est désormais plus connu sous le nom de variant Alpha. Ses autres noms de code : B.1.1.7 ou ’VOC 202012/01’, l’abréviation de ’variant of concern de décembre 2020’, date à laquelle il a été découvert au Royaume-Uni. Rapidement, il se propage de l’autre côté de la Manche. Un premier cas à Tours est détecté le 25 décembre 2020. Très vite, le variant Alpha devient majoritaire : au 15 mars 2020, il représente 82,3% des contaminations. La souche britannique a fortement régressé au niveau mondial depuis le mois de mai 2021 et elle est désormais très peu détectée. A titre de comparaison, sa présence est à moins de 0,1% parmi les virus séquencés, selon les données rapportées par Santé publique France. 

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Parmi ses mutations clés : N501Y qui pourrait aider la protéine spike à s’accrocher. Autrement dit cette mutation pourrait augmenter l’affinité du virus pour l’un des récepteurs qui sert de porte d’entrée dans les cellules qu’il infecte. Selon plusieurs études, il serait plus transmissible que la cellule souche. Un bilan de Santé publique France soutient que cette augmentation est comprise 43 et 90%. L’institution sanitaire note aussi dans une analyse de risque publiée en avril 2021 ’une augmentation de la gravité’ de la maladie. Selon une étude anglaise publiée dans la revueBritish Medical Journal (BMJ) en mars, il est 64 % plus mortel que le coronavirus classique. A noter que les vaccins restent efficaces contre lui, selon plusieurs recherches. 

  • Le variant Beta
    Lui aussi est connu sous un autre nom : le variant sud-africain. Appelée aussi B.1.351, cette nouvelle souche est enregistrée pour la première fois au mois de mars 2020 en Afrique du Sud. Le variant Beta n’a jamais été dominant en France. Sa présence a légèrement augmenté entre février et juin 2021 pour atteindre 16% des virus séquencés. Il devient ensuite quasi inexistant à l’arrivée du variant Delta. Selon une enquête Flash datant du 14 septembre, aucun variant Beta n’a été détecté en France. Lorsqu’on observe ses mutations, on trouve aussi la N501Y - présente dans le variant Alpha cité plus haut - qui est associée à une meilleure transmissibilité. Pour le variant Beta, c’est surtout la mutation E484K qui a concentré les inquiétudes des scientifiques. 

Sa particularité : elle permet au virus d’être capable d’échapper au système immunitaire - que ce soit après une infection ou suite à la vaccination. Concernant sa résistance aux vaccins, le Conseil scientifique français, dans un avis paru le 12 février, note une ’sensibilité conservée’ face aux vaccins à ARN messager et au sérum de Janssen, mais ’diminuée’ avec AstraZeneca. Un communiqué de Santé publique France publié le 16 juillet 2021, confirme que l’efficacité du vaccin contre le variant Beta est moins importante que son prédécesseur Alpha. ’Les résultats montrent que ce schéma de vaccination, à deux doses, confère une protection de 88% contre la souche d’origine du virus, de 86% contre le variant alpha et de 77% contre le variant bêta.’ 

  • Le variant Gamma
    Le variant Gamma est détecté pour la première fois au Japon, en janvier dernier. Les malades sont quatre voyageurs en provenance du Brésil. Il est appelé ’20J/501Y.V3’ ou ’P1’. S’il se propage à l’international, il ne parviendra jamais à devenir une souche majoritaire en France. Dans le pays, le variant Gamma ne représente pas plus de 1,8% des virus séquencés au 12 juillet 2021. A l’instar du variant Alpha et Beta, la souche Gamma a considérablement régressé dans le monde. En France, le variant Gamma n’a pas été détecté selon les enquêtes Flash depuis le 14 septembre 2021. Son profil mutationnel ressemble à celui du variant Beta puisque ses mutations les importantes sont N501Y et E484K. 

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Il serait associé à une transmissibilité accrue, de 40 à 120%, et à une ’augmentation probable du risque d’hospitalisation’. A l’instar du variant dit ’brésilien’, le variant Gamma oppose une meilleure résistance aux anticorps. Cependant, le variant Beta donne davantage de fil à retordre aux vaccins selon une analyse de Santé publique France publiée en juin dernier : ’Plusieurs études internationales ont montré un impact différent en termes d’échappement immunitaire (post-infection et post-vaccinal) entre les deux VOC Beta et Gamma qui sont porteurs de la mutation E484K, avec un échappement plus significatif vis-à-vis des vaccins actuels pour Beta par rapport à Gamma, principalement pour les vaccins à vecteur adenovirus AstraZeneca-Vaxzevria et Janssen.’ 

  • Le variant Delta
    Le variant Delta demeure le variant dominant en France comme dans la majorité des pays européens, et plus largement au niveau international. ’Il a presque entièrement remplacé le VOC Alpha ainsi que tous les autres variants qui circulaient à bas bruit, attestant d’une compétitivité plus élevée’, déclare un communiqué de Santé publique France publié le 1er décembre 2021. En France métropolitaine, la prévalence retrouvée dans les enquêtes Flash hebdomadaires est supérieure à 99% depuis la mi-août. Détecté en Inde en octobre, il est responsable d’une explosion de l’épidémie chez le géant asiatique au printemps dernier. A l’été 2021, sa circulation active en France pousse le président à instaurer le passe sanitaire dans les lieux publics. 

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Affublé du surnom ’double-mutant’, le variant Delta arbore deux mutations importantes : E484K et L452R. La première permet de faciliter un échappement immunitaire et la deuxième améliore son affinité avec les cellules humaines. Ce variant se caractérise par une transmissibilité plus élevée et des charges virales plus importantes dans les voies respiratoires - jusqu’à cinq fois plus élevée par rapport aux virus de référence, selon Santé publique France. A cette nouvelle souche, est aussi associée une augmentation du risque d’hospitalisation, du risque de la mortalité. Cependant, les vaccins approuvés par l’Union européenne continuent de protéger contre les maladies graves. Par ailleurs, le variant Delta a muté une nouvelle fois ce qui a donné son petit frère ’le variant Delta Plus’. Sa particularité : il a acquis la mutation K417N - que l’on retrouve chez le variant Beta. 

  • Le variant Omicron
    Dernier variant préoccupant détecté selon l’OMS, la souche Omicron a été détectée en novembre enAfrique du Sud. Dans ce pays où seulement 30% de la population est entièrement vaccinée, la vitesse de propagation du virus avait provoqué l’inquiétude au niveau mondial. Actuellement, il est présent dans 77 pays d’après les données de l’OMS. Tout d’abord, le variant serait plus contagieux que le Delta, en témoigne sa propagation rapide au Royaume-Uni et au Danemark. La transmissibilité variant Omicron ’ est probablement un peu plus élevée que celui du variant Delta, qui est lui-même très transmissible’, a abondé le Pr Delfraissy, dans les colonnes de L’Express, le 9 décembre. Il faudrait attendre d’autres analyses scientifiques pour savoir dans quelle proportion il serait plus contagieux. Le porte-parole du gouvernement, Gabriel Attal, s’est risqué à une estimation ce jeudi : ’ Au moins deux fois plus contagieux que Delta.’ 

Source : https://www.lexpress.fr/actualite/societe/sante/alpha-delta-omicron-quelles-differences-entre-tous-les-variants-du-covid-19_2164559.html

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  • Variant congolais : des clusters en Normandie et dans les Hauts-de-France - Un nouveau variant du Covid-19 détecté en Bretagne - Par Jane Roussel Le 10 décembre 2021 à 14h54
    Le variant congolais (B.1.640) est surveillé par les autorités sanitaires depuis plusieurs semaines. Pour l’heure, sa circulation est modérée. Alors que le monde entier a les yeux rivés sur Omicron, les autorités sanitaires surveillent également un autre variant, le B.1.640, détecté pour la première fois au Congo fin septembre.

Lire l’article complet sur : https://www.topsante.com/medecine/maladies-infectieuses/zoonoses/variant-congolais-covid-france-646946

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  • Variant ’Deltacron’ : existe-t-il une fusion de Delta et Omicron ? - Publié par Sarah Ugolini, le 10/01/2022 à 11:49
    Un chercheur universitaire rapporte l’existence de 25 cas de ’co-infections Omicron et Delta’ qui auraient été recensées à Chypre. Nommé ’Deltacron’, l’existence de ce variant recombinant est toutefois remise en cause par de nombreux experts.

Les variants Omicron et Delta ont-ils muté et fusionné ? Un chercheur de l’université de Chypre a annoncé avoir découvert une combinaison de Delta et Omicron baptisé ’Deltacron’ chez 25 malades. En France, entre le 28 décembre et le 3 janvier, 79% des nouveaux cas détectés étaient probablement liés à Omicron selon Santé publique France, alors que le variant Delta reste stable à un peu moins de 21%.

A lire aussi : Variant Omicron : des symptômes différents chez les non vaccinés

’Il existe actuellement des co-infections Omicron et Delta et nous avons trouvé cette souche qui est une combinaison des deux’, a notamment indiqué à Sigma TV Leondios Kostrikis, professeur de biologie à l’Université de Chypre et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire, selon l’agence Bloomberg.

La presse locale n’a pas manqué de relayé l’information, faisant craindre les conséquences de ce nouveau variant recombianant. Le virus en question contiendrait à la fois des mutations de Delta, et d’autres d’Omicron et 25 cas de ’Deltacron’ auraient été recensés, dont 11 patients hospitalisés, selon le Cyprus Mail. Le génome des cas positifs de ce probable nouveau virus ont été séquencés et déposés sur la base de données internationale Gisaid.

’Deltacron’ : 25 cas recensés à Chypre

Certains scientifiques semblent sceptiques sur l’existence de ce nouveau variant. Gisaid permet de créer l’arbre généalogique du virus, la phylogénétique, mais ces séquences de ce potentiel nouveau variant ne sont pas au même endroit. ’Les séquences chypriotes Deltacron dont parlent plusieurs grands médias semblent être assez clairement une contamination – elles ne se regroupent pas sur un arbre phylogénétique’, affirmait ce samedi 8 janvier Tom Peacock, virologue au prestigieux Imperial College de Londres.

Selon lui, il pourrait simplement s’agir d’une erreur avec des variants s’étant retrouvés par erreur dans la même analyse. ’Mélanger potentiellement de petites quantités (…) dans les laboratoires de séquençage - ce qui donne alors l’impression que le virus s’est mélangé en vie réelle - arrive assez souvent car de minuscules volumes peuvent entraîner ce problème’, a indiqué Tom Peacock. Selon le virologue, les 25 cas dont il est question pourraient ainsi avoir été séquencés le même jour au même endroit.

’Deltacron’ : nouveau variant ou erreur de labo ?

Cette remise en cause d’un potentiel nouveau variant est partagée par un chercheur français interrogé par Le Parisien. “L’analyse de Tom Peacock est très bonne. La distribution dans l’arbre de ces séquences est révélatrice, et ces problèmes de séquençage sont très fréquents, y compris avec Omicron’, confirme Étienne Simon-Lorière, responsable de l’unité de génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur.

Le Pr Arnaud Fontanet a lui aussi ’écarté’ l’hypothèse d’un nouveau variant ce lundi 10 janvier auprès de RMC. Pour autant, même Leondios Kostrikis, qui croit en l’émergence de nouveau variant recombinant et qui a confirmé cette hypothèse ce dimanche 9 janvier, estime que ’Deltacron’ pourrait très bien être surpassé par la contagiosité du variant Omicron. ’On verra à l’avenir si cette souche est plus pathologique ou plus contagieuse ou si elle prévaudra’, a-t-il expliqué aux médias chypriotes.

Il n’en reste pas moins que les virus recombinants sont des hypothèses probables qui sont ’le produit du croisement de deux virus parentaux’ selon les précisions auprès du Parisien de Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne-Université. On ne sait donc pas encore si le variant ’Deltacron’ existe réellement, mais s’il s’agit d’un événement rare, cela reste possible quand deux souches du virus circulent beaucoup comme en ce moment en Europe avec Delta et Omicron.

En février dernier, les variants britannique et californien ont fusionné pour former le premier ’variant recombiné’, présentant les caractéristiques de ses deux ’parents’.

Sources :

’Deltacron’ : un variant recombinant de Delta et d’Omicron a-t-il vraiment été découvert ?, Le Parisien, 10 janvier 2022. 

https://www.leparisien.fr/societe/sante/deltacron-un-variant-recombinant-de-delta-et-domicron-a-t-il-vraiment-ete-decouvert-10-01-2022-QVNZ76QQOZGM5DUJVHZ3JVSYWQ.php?ts=1641808576265

Cyprus Finds Covid-19 Infections That Combine Delta and Omicron, Bloomberg, 10 janvier 2021. 

https://www.bloomberg.com/news/articles/2022-01-08/cyprus-finds-covid-19-infections-that-combine-delta-and-omicron

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  • Variant Omicron : Le Royaume-Uni prédit une nouvelle vague en début d’été - Par Laurence Épée - Mis à jour le 15/01/2022 à 15:45 Publié le 15/01/2022 à 11:21 – Photo - Les niveaux de contamination ont atteint un pic à Londres. (Philippe LOPEZ / AFP)
    Certains scientifiques britanniques restent convaincus que les pires scénarios pour la vague actuelle de Covid-19 ont peu de chance de se reproduire. Toutefois, ils envisagent une recrudescence de cas Omicron au début de l’été.

C’est l’avis du groupe consultatif scientifique pour les urgences (SAGE), organisme consultatif du gouvernement britannique. En effet, selon ce groupe, une nouvelle vague de cas Omicron est à prédire à l’été, lorsque les gens reprendront leurs activités sociales et que leur immunité diminuera.

Selon le Guardian, cette information intervient alors que les ministres subissent la pression de certains députés pour supprimer toutes les restrictions du Plan Ben Angleterre. Car d’après certains experts, les prévisions ont été bien plus alarmantes que la réalité. Les vaccins ont en effet résisté aux formes graves de la maladie, et le variant Omicron s’est révélé d’une gravité moindre par rapport au variant Delta. 

Des prévisions toujours incertaines

L’Office for National Statistics (ONS) a estimé vendredi 14 janvier que 3.735.000 personnes - soit environ 1 personne sur 15 - en Angleterre avaient été infectées par le Covid-19 au cours de la semaine, tandis que le chiffre pour l’Écosse, le Pays de Galles et l’Irlande du Nord était d’environ 1 sur 20. Les niveaux d’infection ont par ailleurs atteint un pic à Londres, passant de 1 sur 10 à la fin de 2021 à 1 sur 15 début janvier. Toutefois, l’ONS utilise les tests effectués par un échantillon représentatif de 150.000 personnes pour extrapoler les taux d’infection probables et a trouvé en décembre des taux jusqu’à trois fois plus élevés que les chiffres officiels.

Si le risque global lié à Omicron reste très élevé, les prévisions pour l’été paraissent incertaines. « A ce stade, il est trop tôt pour le dire. Je pense que la semaine prochaine sera assez importante en termes d’orientation future », a confié au Guardian une source gouvernementale.

Photo : Sur le même sujet Coronavirus Variant Omicron : une mystérieuse paralysie du sommeil touche certains malades

CNEWS

Fichier:Canal News logo.svg — Wikipédia

Source : https://www.cnews.fr/monde/2022-01-15/variant-omicron-le-royaume-uni-predit-une-nouvelle-vague-en-debut-dete-1171353

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Dernière minute – Pandémie de Covid-19 : une accalmie se dessine dans les services de réanimation - Par Le Figaro avec AFP – Publié le 15/01/2022 à 19:51, Mis à jour le 16/01/2022 à 09:55 – Document ‘lefigaro.fr’

Photo - Les Jeux olympiques d’hiver débuteront à Pékin le 4 février 2022. Noel Celis / AFP

Le point sur la situation - Nouvelles mesures, nouveaux bilans et faits marquants : Le Figaro fait le point sur les dernières évolutions de la pandémie de Covid-19.

Sommaire :

•Légère baisse dans les services de réanimation

•Un cas d’Omicron détecté à Pékin

•Boris Johnson et les « apéros du vendredi » à Downing Street

•Djokovic, « danger public »

•Des passes désactivés en France et des opposants dans la rue

Accalmie dans les services de réanimation, un cas d’Omicron à Pékin, les opposants au passe vaccinal dans la rue... Le Figaro fait le point ce samedi 15 janvier 2022 sur les dernières informations liées à la pandémie de Covid-19.

À découvrir : Nouvelles règles du passe sanitaire à partir du 15 janvier : toutes les réponses à vos questions

Légère baisse dans les services de réanimation

Une accalmie semble se dessiner dans les services de soins critiques qui reçoivent des malades du Covid, où les hospitalisations sont en légère baisse pour la troisième journée de suite, selon les chiffres officiels diffusés samedi soir. Ces services comptent 3852 malades graves du Covid, contre 3895 la veille, 3939 jeudi et 3.985 mercredi.

À lire aussi Covid-19 : les pays les plus vaccinés sont-ils ceux où il y a « le plus de cas » ?

En revanche, cette baisse ne s’observe ni dans le nombre total de malades hospitalisés (24.544, contre 23.889 mercredi), ni dans le nombre quotidien de nouveaux cas de contamination recensés. Ce dernier s’élève à 324.580, contre 303.669 le samedi précédent. La hausse semble toutefois se ralentir puisque le nombre de cas était de 219.126 le samedi 1er janvier.

En moyenne, sur les sept derniers jours, on recense 297.000 cas quotidiens contre 279.000 le samedi précédent. Ce calcul permet de lisser les écarts observés d’un jour à l’autre, souvent artificiellement créés par des problèmes de collecte de données.

À voir aussi - Pourquoi 2022 pourrait être l’année de la fin du Covid

Un cas d’Omicron détecté à Pékin

Un cas d’Omicron a été détecté à Pékin, ont annoncé samedi les autorités de la capitale chinoise où doivent s’ouvrir le 4 février les Jeux olympiques d’hiver, alors que le pays lutte contre plusieurs foyers du variant hautement contagieux du coronavirus.

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Cette annonce intervient après que Zhuhai, ville côtière de 2,4 millions d’habitants du sud-est du pays, près de Macao, a imposé des restrictions de déplacements, suite à la découverte de sept cas de contamination par le variant Omicron.

Des millions de Chinois ont reçu l’ordre de rester chez eux ces dernières semaines, des dizaines de vols intérieurs ont été annulés et des usines entières fermées, les autorités cherchant à juguler l’épidémie à l’approche des JO.

Boris Johnson et les « apéros du vendredi » à Downing Street

Des apéritifs ont été organisés chaque vendredi à Downing Street pendant le confinement, affirme le quotidien britannique The Mirror, allongeant la liste des accusations visant le premier ministre britannique, Boris Johnson.

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Le conservateur est accusé d’avoir participé à plusieurs festivités lors de confinements en pleine crise sanitaire. La contestation contre lui gronde, y compris dans les rangs des conservateurs.

Djokovic, « danger public »

Pour la seconde fois en dix jours, Novak Djokovic a été renvoyé en rétention administrative à Melbourne. Le ministre de l’Immigration australien avait annulé son visa la veille soutenant que le numéro un mondial de tennis non-vacciné contre le Covid-19, constitue un « danger public ». « Sa présence en Australie pourrait encourager le sentiment anti-vaccination » a-t-il estimé.

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« L’Open d’Australie est bien plus important que n’importe quel joueur », a rétorqué son rival, Rafael Nadal, qui ne cache pas son agacement à deux jours de l’ouverture de l’Open d’Australie.

Des passes désactivés en France et des opposants dans la rue

« Djokovic résistant », « Liberté », « Non au vaccin » : des opposants au passe sanitaire, qui va devenir un passe vaccinal, ont manifesté samedi en France, le jour même où de nombreuses désactivations devaient avoir lieu faute de rappel de vaccin anti-Covid. Quelques heures avant ces défilés, les députés ont adopté dans la nuit le projet de loi controversé transformant le passe sanitaire en passe vaccinal en deuxième lecture. Les débats ont repris au Sénat, avant un ultime vote de l’Assemblée nationale dimanche après-midi.

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Faute de rappel anti-Covid, des dizaines de milliers de passes sanitaires devaient être désactivés samedi, date butoir fixée en novembre.

Tension avec la police lors d’une manifestation des anti-vaccins en Italie

Des moments de tensions avec la police et quelques légères échauffourées ont été enregistrés samedi après-midi lors d’une manifestation des anti-vaccins et anti-passe vaccinal dans le centre de Rome, a constaté l’AFP. Un millier de personnes environ s’étaient rassemblées pour un sit-in, autorisé par la police, sur la place de Saint-Jean de Latran quand un petit groupe de manifestants a voulu partir en cortège, non autorisé, vers le centre historique, se faisant bloquer par des véhicules des forces de l’ordre et policiers en tenue anti-émeute.

À lire aussi « Super passe vert » : les non-vaccinés désormais persona non grata en Italie

Plusieurs autres manifestations ont par ailleurs eu lieu en Italie pour dénoncer le passe vaccinal ainsi que la récente obligation de vaccination pour toutes les personnes âgées de plus de 50 ans.

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DÉCRYPTAGE - La vague du variant Omicron semble avoir un effet limité dans les pays ayant vacciné massivement. Mais pourrait s’avérer catastrophique pour d’autres.

Covid-19 : deux nouveaux traitements recommandés par l’OMS

Dans un avis publié dans la revue médicaleThe BMJ, les experts de l’OMS recommandent un traitement par anticorps de synthèse, le sotrovimab, et un médicament habituellement utilisé contre la polyarthrite rhumatoïde, le baricitinib.

Un virus à l’origine de la sclérose en plaques

Décryptage -Responsable de la mononucléose, l’EBV est impliqué dans cette maladie neurologique et d’autres auto-immunes.

Le Figaro - Actualité en direct et informations en continu

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Source : https://www.lefigaro.fr/sciences/covid-19-un-cas-d-omicron-detecte-a-pekin-a-trois-semaines-des-jo-20220115

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Dernière minute - Covid-19 : pourquoi les scientifiques tablent sur une période de baisse puis de calme : la cinquième vague causée par le variant Delta, puis par Omicron, devrait atteindre un creux d’ici ’au mois de mars’, y compris à l’hôpital - Par Grégory Rozières- 17/01/2022 11:28 CET – Document ‘Le HuffPost’ - SCIENCE

Illustration - Le pic des cas de Covid-19 semble être atteint, notamment en région parisienne, où le variant Omicron a commencé à circuler plus tôt.

SCIENCE - Va-t-on enfin pouvoir être optimiste sur le front épidémique, au moins quelques mois ? Alors que près de 300.000 cas de Covid-19 sont toujours répertoriés quotidiennement, le pic des infections de cette cinquième vague, dopée par le variant Omicron, serait passé. Si les projections se confirment, le pic hospitalier devrait suivre et le mois de mars pourrait être celui du creux de la vague.

C’est en tout cas ce qu’espèrent de nombreux épidémiologistes et médecins ces derniers jours. C’est à la fois la dynamique actuelle des contaminations, les caractéristiques du variant Omicron et l’état de l’épidémie de coronavirus en France et chez nos voisins qui leur permet d’être, pour une fois, plutôt optimiste. En tout cas, sur les semaines à venir. “La catastrophe évitée tient en partie au comportement des Français”, affirme, ce lundi 17 janvier sur France Inter, l’épidémiologiste Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique.

″En mars, nous devrions arriver à un très bon contrôle de la vague actuelle. Une période de calme devrait alors s’ouvrir devant nous”, a estimé le 15 janvier dans L’Express le professeur Alain Fischer, président du Conseil d’orientation de la stratégie vaccinale. Le même jour dans le JDD, l’épidémiologiste Vittoria Colizza affirmait qu’on “peut s’attendre à une décrue assez rapide, aussi à cause des propriétés du variant Omicron”.

Le pic des cas semble atteint

Quand on regarde les chiffres, on voit en effet que le pic de contamination semble avoir été atteint, comme le montre le graphique ci-dessous.

A Flourish chart

À Paris et en première couronne, où Omicron a pris pied en premier, on voit que le pic est encore plus clair et plus précoce, à la fois sur le taux d’incidence, mais aussi sur le taux de positivité. La baisse concomitante de ces deux indicateurs montre bien que le coronavirus circule moins.

A Flourish chart

Reste maintenant à voir quel sera l’impact sur les hôpitaux, mais il y a ici aussi de bonnes raisons d’espérer. “Le scénario du pire s’éloigne, le pic des infections a été passé ces jours-ci. Les admissions à l’hôpital pourraient continuer à augmenter quelques jours, on devrait atteindre le pic dans la semaine qui vient”, estime Arnaud Fontanet, tout en rappelant que les services hospitaliers seront sollicités pendant tout le mois de février, avant d’atteindre des “niveaux très bas” en mars.

Le scénario du pire pour l’hôpital évité ?

Le chercheur rappelle que selon les scénarios de l’Institut Pasteur, le pic dans les hôpitaux pouvait être catastrophique en fonction de différents éléments, et notamment du nombre de contacts que nous avons. Logique : plus il y a de contacts entre personnes, plus le virus peut circuler.

“La catastrophe évitée tient en partie au comportement des Français. On avait des éléments forts pour dire qu’en diminuant de 20% les contacts, on divisait par deux le nombre des hospitalisations, c’est vraisemblablement ce qu’il s’est passé”, pour Arnaud Fontanet.

Si l’on reprend les scénarios de l’Institut pasteur (plus de détails ici), cela veut dire que nous avons plus de chance de suivre la trajectoire en bleue, ce qui serait une bonne nouvelle.

Voir : Institut Pasteur - L’impact hospitalier possible du variant Omicron sur l’épidémie de Covid-19 selon trois scénarios et trois niveaux de réduction de nos contacts.

Le variant Omicron moins virulent que Delta

L’autre élément qui permet d’espérer que la vague hospitalière sera moins catastrophique que ce que l’on pouvait craindre, c’est le changement induit par le variant Omicron. De nombreux éléments permettent aujourd’hui d’affirmer que le risque d’hospitalisation est plus faible. Même s’il est difficile de savoir à quel point ses mutations ou le fait que nous soyons vaccinés et donc protégés a le plus d’impact.

En tout cas, comme le graphique ci-dessous le résume (en comparant la taille de la vague actuelle par rapport à celle de l’hiver 2020), le rapport entre cas et hospitalisations a bien changé.

A Flourish chart

″À la fin de la vague Delta, qui a rempli nos réanimations, du fait de la dangerosité plus faible d’Omicron, on allait avoir moins de cas et probablement vers fin février, début mars, on va être dans un creux de vague”, estime Philippe Froguel, professeur au CHU de Lille et à l’Imperial College de Londres, interrogé par BFMTV le 16 janvier 2022.

Dans une analyse publiée en fin de semaine, la Drees note que si 88% des tests sont dus à Omicron sur la période analysée (3 au 9 janvier 2022), le nouveau variant n’est responsable que de 52% des hospitalisations.

Mieux : “seules 31 % des personnes entrées en soins critiques avec Covid-19” étaient contaminées par Omicron. Cette différence reste visible même en prenant en compte le fait qu’il y a un délai entre les symptômes, l’hospitalisation et la réanimation. “Les probabilités d’entrées en soins critiques conditionnellement au fait d’avoir un test RT-PCR positif, sont bien plus faibles pour Omicron par rapport à Delta pour les patients de moins de 80 ans. Elles le sont également pour les personnes de 80 ans et plus non vaccinées ou avec rappel et sont relativement similaires pour les 80 ans et plus disposant d’une primo-vaccination complète sans rappel.”

L’avenir à plus long terme reste incertain

Si beaucoup de scientifiques s’accordent pour dire que la vague va décroître dans les semaines à venir, il ne faut pas pour autant croire que nous en avons définitivement fini avec le Covid-19. Philippe Froguel rappelle qu’avec Omicron, l’immunité contre l’infection semble baisser rapidement et qu’une nouvelle hausse des contaminations à l’été n’est pas à exclure. Arnaud Fontanet, lui, met en garde contre un possible retour de Delta d’ici au printemps.

Mais dans les deux cas, les chercheurs estiment qu’au vu du taux de vaccination et de l’effet estival qui n’est pas le plus propice à la transmission du coronavirus, notre immunité devrait contenir une vague importante. Mais le coronavirus nous a appris en deux ans à ne pas crier victoire trop vite. “Des restrictions persistent, un nouveau variant plus dangereux peut émerger… On est encore en phase pandémique, et on n’a pas de preuve pour dire que cette vague sera la dernière”, résume Vittoria Colizza. 

À voir également sur Le HuffPost : Après Omicron, quels seront les futurs variants ?

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Les articles étiquetés « CORONAVURUS » et postés antérieurement sur ISIAS sont à découvrir à partir de ce site : https://isias.lautre.net/spip.php?page=recherche&recherche=coronavirus

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Traductions, sélection d’articles avec arrangements, [compléments] et intégration de liens hypertextes par Jacques HALLARD, Ingénieur CNAM, consultant indépendant – 17/01/2022

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