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L’analyse génomique révèle que de nombreuses espèces animales peuvent être vulnérables à l’infection par le SRAS-CoV-2 causant la pandémie de COVID-19
Traduction & compléments par Jacques Hallard
mercredi 26 août 2020, par
L’analyse génomique révèle que de nombreuses espèces animales peuvent être vulnérables à l’infection par le SRAS-CoV-2 causant la pandémie de COVID-19
L’article d’origine a été publié le 21 août 2020 par ScienceDaily sous le titre « Genomic analysis reveals many animal species may be vulnerable to SARS-CoV-2 infection » et il est accessible sur ce slte : https://www.sciencedaily.com/releases/2020/08/200821161423.htm
Sumatran orangutan | Credit : © Anton Petrus / stock.adobe.com
Photo : orangoutan de Sumatra (stock image). Credit : © Anton Petrus / stock.adobe.com
Résumé
Les êtres humains ne sont pas la seule espèce confrontée à une menace potentielle du SRAS-CoV-2, le nouveau coronavirus responsable du COVID-19, selon une nouvelle étude de l’Université de Californie à Davis, aux Etats-Unis.
L’analyse de l’ACE2, le principal récepteur utilisé par le SRAS-CoV-2 pour se lier et pénétrer dans les cellules, sur 410 espèces de vertébrés, révèle que beaucoup sont potentiellement sensibles à l’infection par le nouveau coronavirus. Ils comprennent un certain nombre d’espèces en voie de disparition et menacées, notamment les singes et les primates du vieux monde. L’étude pourrait également révéler des hôtes intermédiaires potentiels et des modèles animaux pour le virus.
La source : Université de Californie – Davis - Une équipe internationale de scientifiques a utilisé l’analyse génomique pour comparer le principal récepteur cellulaire du virus chez l’homme - l’enzyme de conversion de l’angiotensine-2, ou ACE2 - chez 410 espèces différentes de vertébrés, notamment des oiseaux, des poissons, des amphibiens, des reptiles et des mammifères.
[D’après Wikipédia : « L’enzyme de conversion de l’angiotensine 2, ou ACE2 (de l’anglais Angiotensin-Converting Enzyme 2), est une enzyme liée à la face externe des membranes plasmiques de cellules du poumon, des artères, du cœur, du rein et de l’appareil digestif3,4,5. Elle joue un rôle important dans le système rénine-angiotensine-aldostérone (SRAA), qui joue un rôle physiologique majeur pour la régulation du coeur, du rein et de la pression sanguine6,7,8,9, qui régule l’homéostasie hydrosodée et la pression artérielle. Il s’agit d’une métallocarboxypeptidase (en) transmembranaire qui catalyse le clivage de l’angiotensine I 1–10 en angiotensine 1–94 et de l’angiotensine II 1–8, peptide induisant une vasoconstriction, en angiotensine 1–7, peptide induisant une vasodilatation10,11. Elle s’oppose à l’action de l’enzyme de conversion de l’angiotensine (ACE), qui catalyse la conversion de l’angiotensine I en angiotensine II, de sorte que l’ACE2 réduit la concentration en angiotensine II12 ; celle-ci agissant comme vasoconstricteur, cela fait de l’ACE2 une cible intéressante pour le traitement des maladies cardiovasculaires12,13. L’ACE2 est le point d’entrée de certains coronavirus dans les cellules. C’est le cas pour le coronavirus humain NL63, le SARS-CoV-1, coronavirus à l’origine du SRAS, et le SARS-CoV-2, à l’origine de la COVID-1914,15,16,17. Plusieurs types de cellules humaines sont dotées d’ACE2, de même pour d’autres mammifères, dont – à titre d’exemple – le chat, le chien, le pangolin, le vison, le Hamster de Chine et d’autres rongeurs du groupe des Cricetidae18,19,20,21…. – Source de l’article complet : https://fr.wikipedia.org/wiki/Enzyme_de_conversion_de_l%27angiotensine_2 ].
L’ACE2 se trouve normalement sur de nombreux types différents de cellules et de tissus, y compris les cellules épithéliales du nez, de la bouche et des poumons. Chez l’homme, 25 acides aminés de la protéine ACE2 sont importants pour que le virus se lie et pénètre dans les cellules.
Les chercheurs ont utilisé ces 25 séquences d’acides aminés de la protéine ACE2 et la modélisation de sa structure protéique prédite avec la protéine de pointe SARS-CoV-2, pour évaluer combien de ces acides aminés se trouvent dans la protéine ACE2 des différentes espèces.
« Les animaux avec les 25 résidus d’acides aminés correspondant à la protéine humaine devraient être les plus à risque de contracter le SRAS-CoV-2 via ACE2 », a déclaré Joana Damas, première auteur de l’article et associée de recherche postdoctorale à l’UC Davis. « Plus les résidus de liaison ACE2 de l’espèce diffèrent de ceux des humains, et plus le risque devrait diminuer ».
Environ 40 pour cent des espèces potentiellement sensibles au SRAS-CoV-2 sont classées comme « menacées » par l’Union internationale pour la conservation de la nature et peuvent être particulièrement vulnérables à la transmission interhumaine. L’étude a été publiée le 21 août 2020 dans les actes de la ‘National Academy of Sciences’.
« Les données fournissent un point de départ important pour identifier les populations animales qui sont vulnérables et menacées à risque d’infection par le SRAS-CoV-2 », a déclaré Harris Lewin, auteur principal de l’étude et professeur distingué d’évolution et d’écologie à l’UC Davis. « Nous espérons qu’il inspirera des pratiques qui protègent la santé animale et humaine pendant la pandémie ».
Les espèces en voie de disparition devraient être classées comme étant en péril
On prévoit que plusieurs espèces de primates en danger critique d’extinction, telles que le gorille des plaines de l’Ouest, l’orang-outan de Sumatra et le gibbon à joues blanches du Nord, courent un risque très élevé d’infection par le SRAS-CoV-2 via leur récepteur ACE2.
Les autres animaux signalés comme à haut risque comprennent les mammifères marins tels que les baleines grises et les grands dauphins, ainsi que les hamsters chinois.
Les animaux domestiques tels que les chats, les bovins et les moutons présentent un risque moyen et les chiens, les chevaux et les porcs présentaient un faible risque de liaison à l’ACE2. Le lien entre ce phénomène et le risque d’infection et de maladie doit être déterminé par des études futures, mais pour les espèces qui ont des données d’infectivité connues, la corrélation est élevée.
Dans les cas documentés d’infection par le SRAS-COV-2 chez le vison, les chats, les chiens, les hamsters, les lions et les tigres, le virus peut utiliser des récepteurs ACE2 ou utiliser des récepteurs autres que le récepteur ACE2 pour accéder aux cellules hôtes. Une moindre propension à se lier pourrait se traduire par une moindre propension à l’infection ou par une capacité inférieure de propagation de l’infection chez un animal ou entre des animaux une fois établie.
En raison du potentiel pour les animaux de contracter le nouveau coronavirus des êtres humains, et vice versa, des institutions telles que le zoo national et le zoo de San Diego, qui ont tous deux fourni du matériel génomique à l’étude, ont renforcé les programmes de protection des animaux et des êtres humains.
« Les maladies zoonotiques et la façon de prévenir la transmission d’humain à animal ne sont pas un nouveau défi pour les zoos et les professionnels des soins aux animaux », a déclaré le co-auteur Klaus-Peter Koepfli, chercheur principal à la ‘Smithsonian-Mason School of Conservation’ et ancien biologiste de la conservation du Smithsonian Centre pour la survie des espèces de l’Institut de biologie de la conservation et au Centre pour la génomique de la conservation. « Ces nouvelles informations nous permettent de concentrer nos efforts et de planifier en conséquence, pour assurer la sécurité des animaux et des êtres humains ».
Les auteurs recommandent de ne pas sur-interpréter les risques animaux prévus sur la base des résultats des calculs, notant que les risques réels ne peuvent être confirmés qu’avec des données expérimentales supplémentaires. La liste des animaux concernés se trouve là.
Des recherches ont montré que l’ancêtre immédiat du SRAS-CoV-2 provenait probablement d’une espèce de chauve-souris. Les chauves-souris présentent un très faible risque de contracter le nouveau coronavirus via leur récepteur ACE2, ce qui est cohérent avec les données expérimentales réelles.
On ne sait pas encore si les chauves-souris ont transmis directement le nouveau coronavirus aux humains ou s’il est passé par un hôte intermédiaire, mais l’étude soutient l’idée qu’un ou plusieurs hôtes intermédiaires étaient impliqués. Les données permettent aux chercheurs de se concentrer sur les espèces qui auraient pu servir d’hôte intermédiaire dans la nature, contribuant ainsi aux efforts de contrôle d’une future épidémie d’infection par le SRAS-CoV-2 dans les populations humaines et animales.
Les autres auteurs de l’étude comprennent : Marco Corbo, UC Davis Genome Center ; Graham M. Hughes et Emma C. Teeling, University College Dublin, Irlande ; Kathleen C. Keough et Katherine S. Pollard, UC San Francisco ; Corrie A. Painter, Nicole S. Persky, Diane P. Genereux, Ross Swofford, Kerstin Lindblad-Toh et Elinor K. Karlsson, Broad Institute of MIT et Harvard, Cambridge, Massachussetts ; Michael Hiller, Institut Max Planck de biologie cellulaire moléculaire et de génétique, Dresde, Allemagne ; Andreas R. Pfenning, Université Carnegie Mellon, Pittsburgh ; Huabin Zhao, Université de Wuhan, Wuhan, Chine ; Oliver A. Ryder, Institut du zoo de San Diego pour la recherche sur la conservation, Escondido et UC San Diego ; Martin T.Nweeia, Harvard School of Dental Medicine, Boston, et Smithsonian Institution, Washington D.C.
Les travaux de recherche pour cette étude ont été coordonnés dans le cadre de l’organisation ‘Genome 10K’, qui comprend le Bat1K, Zoonomia, le projet de génomes vertébrés et le projet Earth BioGenome. Les informations génomiques pour l’étude ont également été fournies par la GenBank du ‘National Center for Biotechnology Information’, le zoo gelé du zoo de San Diego et la Smithsonian’s Global Genome Initiative. Ce travail a été soutenu par le Robert and Rosabel Osborne Endowment.
Source documentaire : Materials provided by University of California - Davis. Original written by Lisa Howard. Note : Content may be edited for style and length.
Article de référence : Joana Damas, Graham M. Hughes, Kathleen C. Keough, Corrie A. Painter, Nicole S. Persky, Marco Corbo, Michael Hiller, Klaus-Peter Koepfli, Andreas R. Pfenning, Huabin Zhao, Diane P. Genereux, Ross Swofford, Katherine S. Pollard, Oliver A. Ryder, Martin T. Nweeia, Kerstin Lindblad-Toh, Emma C. Teeling, Elinor K. Karlsson, Harris A. Lewin. Broad host range of SARS-CoV-2 predicted by comparative and structural analysis of ACE2 in vertebrates. Proceedings of the National Academy of Sciences, Aug. 21, 2020 ; DOI : 10.1073/pnas.2010146117
Pour citer cette page : MLA APA Chicago - University of California - Davis. ’Genomic analysis reveals many animal species may be vulnerable to SARS-CoV-2 infection.’ ScienceDaily. ScienceDaily, 21 August 2020. <www.sciencedaily.com/releases/2020/...> .
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L’Allemagne place Île-de-France et Provence-Alpes-Côte-d’Azur en zones à risque - 24/08/2020 22:34 CEST À cause du coronavirus, les voyageurs venant de ces régions devront se soumettre à un test de dépistage et observer une quarantaine jusqu’à l’obtention du résultat - - © 2020 Le HuffPost SAS. Tous droits réservés. Fait partie de HuffPost News – Source : https://www.huffingtonpost.fr/entry/lallemagne-place-ile-de-france-et-provence-alpes-cote-dazur-en-zones-a-risque_fr_5f4422a9c5b6c00d03b2b0f9 ??ncid=newsltfrhpmgnews#EREC-101
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Traduction, compléments et liens hypertextes : Jacques HALLARD, Ingénieur CNAM, consultant indépendant 25/08/2020
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