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"Un nouveau test permet de détecter le coronavirus en seulement cinq minutes" par Robert F. Service
Traduction et compléments de Jacques Hallard
mercredi 14 octobre 2020, par
Un nouveau test permet de détecter le coronavirus en seulement cinq minutes
L’article d’origine de Robert F. Service a été publié le 08 octobre 2020 parhttps://www.google.fr/url?sa=t&...Science(sciencemag.org) sous le titre « New test detects coronavirus in just 5 minutes » et il est accessible sur ce site : https://www.sciencemag.org/news/2020/10/new-test-detects-coronavirus-just-5-minutes
Un nouveau diagnostic basé sur la technologie CRISPR pourrait réduire les temps d’attente pour les tests de coronavirus. INA FASSBENDER / AFP via Getty Images
Les rapports sur la pandémie de COVID-19 élaborés par la revue ‘Science’ sont soutenus par le ‘Pulitzer Center’ et la ‘Heising-Simons Foundation’.
Des chercheurs ont utilisé la technologie de l’édition génomique ou modification localisée de séquence génomique (genome editing pour les anglophones), dénommée CRISPR (acronyme de ‘Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats’, soit en français ‘courtes répétitions en palindrome regroupées et régulièrement espacées’), pour mettre au point et proposer un test qui permet la détection du coronavirus pandémique en seulement 5 minutes. Le diagnostic ne nécessite pas d’équipement de laboratoire coûteux et il pourrait être déployé dans les cabinets médicaux, les écoles et les immeubles de bureaux.
« On dirait qu’ils ont un test vraiment solide », déclare Max Wilson, biologiste moléculaire à l’Université de Californie (UC), à Santa Barbara. « C’est vraiment très élégant ».
Les diagnostics faisant appel la technologie CRISPR ne sont qu’une des façons dont les chercheurs essaient d’accélérer la réalisation des tests pour détecter le coronavirus. Ce nouveau test basé sur CRISPR est le diagnostic le plus rapide existant à ce jour. En mai 2020, par exemple, deux équipes ont signalé avoir créé des tests de coronavirus basés sur CRISPR qui pourraient détecter le virus en environ une heure, soit beaucoup plus rapidement que les 24 heures nécessaires pour les tests de diagnostic conventionnels des coronavirus à ce moment là.
Les tests CRISPR fonctionnent en identifiant une séquence d’ARN - d’environ 20 bases d’ARN - qui est unique et typique du SARS-CoV-2. Ils le font en créant un ARN « guide » qui est complémentaire de la séquence d’ARN cible et, ainsi, s’y liera en solution. Lorsque le guide se lie à sa cible, l’enzyme « ciseaux » Cas13 de l’outil CRISPR s’active et coupe tout ARN simple brin à proximité. Ces coupes libèrent une particule fluorescente introduite séparément dans la solution d’essai. Lorsque l’échantillon est ensuite frappé par une rafale de lumière laser, les particules fluorescentes libérées s’allument, signalant la présence du virus.
Ces tests CRISPR initiaux, cependant, ont obligé les chercheurs à amplifier d’abord tout ARN viral potentiel avant de l’exécuter dans le diagnostic pour augmenter leurs chances de repérer un signal. Cela a ajouté de la complexité, du coût et du temps, et a mis à rude épreuve des réactifs chimiques rares.
Désormais, des chercheurs dirigés par Jennifer Doudna, qui a remporté le 7 octobre 2020 une part du prix Nobel de chimie de cette année 2020 pour sa co-découverte de CRISPR, rapportent la création d’un nouveau diagnostic CRISPR qui n’amplifie pas l’ARN du coronavirus. Au lieu de cela, Doudna et ses collègues ont passé des mois à tester des centaines d’ARN guides pour trouver plusieurs guides qui fonctionnent en tandem pour augmenter la sensibilité du test.
Dans une nouvelle publication en pré-impression, les chercheurs rapportent qu’avec un seul ARN guide, ils pourraient détecter aussi peu que 100.000 virus par microlitre de solution. Et s’ils ajoutent un deuxième ARN guide, ils peuvent détecter aussi peu que 100 virus par microlitre.
Ce n’est toujours pas aussi bon que la configuration conventionnelle de diagnostic des coronavirus, qui utilise des machines de laboratoire coûteuses pour traquer le virus à un virus par microlitre, explique Melanie Ott, virologue à l’UC San Francisco qui a aidé à diriger le projet avec Jennifer Doudna. Cependant, dit-elle, la nouvelle configuration a été en mesure d’identifier avec précision un lot de cinq échantillons cliniques positifs avec une précision parfaite en seulement 5 minutes par test, alors que le test standard peut prendre 1 jour ou plus pour renvoyer les résultats.
Le nouveau test présente un autre avantage clé, dit Max Wilson : quantifier la quantité de virus d’un échantillon. Lorsque les tests standards de coronavirus amplifient le matériel génétique du virus afin de le détecter, cela change la quantité de matériel génétique présent - et élimine ainsi toute chance de quantifier précisément la quantité de virus contenue dans l’échantillon.
En revanche, l’équipe d’Ott et de Doudna a constaté que la force du signal fluorescent était proportionnelle à la quantité de virus dans leur échantillon. Cela a révélé non seulement si un échantillon était positif, mais aussi la quantité de virus contenue dans l’échantillon d’un patient. Ces informations peuvent aider les médecins à adapter les décisions de traitement à l’état de chaque patient, dit Max Wilson.
Doudna et Ott disent qu’eux et leurs collègues travaillent maintenant à valider leur configuration de test et cherchent à la commercialiser.
Posté dans les rubriques : Health Coronavirus - doi:10.1126/science.abf1752
Auteur : Robert F. Service (photo) - Bob is a news reporter for Science in Portland, Oregon, covering chemistry, materials science, and energy stories. Email Robert - Bob est un journaliste travaillant sur les sciences à Portland, dans l’état de l’Orégon aux Etats-Unis : il couvre les articles traitant de de chimie, de science des matériaux et d’énergie.
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Traduction et liens hypertextes ajoutés par : Jacques HALLARD, Ingénieur CNAM, consultant indépendant – 13/10/2020
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