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"Une nouvelle variante du virus à l’origine de la pandémie de COVID-19 domine maintenant les infections à travers le monde"

Traduction & compléments par Jacques Hallard

dimanche 5 juillet 2020, par Rédaction d’ISIAS

ISIAS Coronavirus

Une nouvelle variante du virus à l’origine de la pandémie de COVID-19 domine maintenant les infections à travers le monde : le virus avec le changement ‘D614G’ dans la protéine ‘Spike’ surpasse les propriétés la souche originale, mais il pourrait ne pas rendre les patients plus gravement malades

Addenda : capture d’écran sur l’ampleur de l’infectiosité – Source : Cell - @CellCellPress – 02 juillet 2020 – Un variant du virus du coronavirus SARS-CoV-2, portant un changement ‘#D614G ’ d ans les aminoacides de la protéine ‘Spike’, est potentiellement associé avec une plus grande infectiosité (#infectivity )et une plus grande charge en particules virales (#viral ) – Pour plus de détails sur les travaux de recherche rapportés (@CellPressNews https://twitter.com/CellCellPress #coronavirus ),voir ici :cell.com/2019-nCOV https://twitter.com/CellCellPress #COVID19

L’article d’origine a été publié le 02 juillet 2020 par Science Daily sous le titre « Newer variant of COVID-19-causing virus dominates global infections » et il est accessible sur ce site : https://www.sciencedaily.com/releases/2020/07/200702144054.htm

Résumé : De nouvelles recherches montrent qu’un changement spécifique dans le génome du virus du coronavirus SARS-CoV-2, précédemment associé à une transmission virale accrue et à la propagation de la pandémie de COVID-19, est plus contagieux en culture cellulaire.

Illustration - Coronavirus (stock image). Credit : © dottedyeti / stock.adobe.com

Les résultats des recherches annoncés aujourd’hui dans la revue ‘Cell’ montrent qu’un changement spécifique du génome du virus du coronavirus SARS-CoV-2, précédemment associé à une transmission virale accrue et à la propagation de la pandémie de COVID-19, est plus contagieux en culture cellulaire. La variante en question, codifiée sous ‘D614G’, modifie légèrement mais efficacement la protéine « Spike » du virus, que ce dernier utilise pour pénétrer dans les cellules humaines.

Bette Korber, biologiste théoricien au ‘Los Alamos National Laboratory’ et auteur principal de l’étude, a noté : ’La variante ‘D614G’ a été portée à notre attention au début du mois d’avril, car nous avions observé un schéma étonnamment répétitif. Partout dans le monde, même lorsque la population locale les épidémies ont fait circuler de nombreux cas de la forme originale, peu de temps après l’introduction de la variante ‘D614G’ dans une région, elle est devenue la forme répandue’.

Les informations géographiques provenant d’échantillons de la base de données de séquences virales ‘GISAID COVID-19’ ont permis de suivre ce schéma hautement récurrent, un changement dans la population virale, partant de la forme originale vers la variante ‘D614G’. Cela s’est produit à tous les niveaux géographiques : pays, régions, autres organisations territoriales et villes.

Deux lignes indépendantes de preuves expérimentales, qui soutiennent ces premiers résultats, sont incluses dans l’article d’aujourd’hui. Ces expériences supplémentaires, dirigées par la professeure Erica Ollmann Saphire, Ph.D., à l’Institut La Jolla, et par le professeur David Montefiori, Ph.D., à l’Université Duke, ont montré que le changement ‘D614G’ augmente l’infectiosité du virus en laboratoire. Ces nouvelles expériences, ainsi que des données cliniques et de séquences plus étendues et des modèles statistiques améliorés, sont présentés dans l’article de la revue ‘Cell’. Plus de travail de recherche reste à faire in vivo pour déterminer toutes les implications de ce changement.

Le virus du SRAS-CoV-2 présente globalement un faible taux de mutation (bien inférieur aux virus qui causent la grippe et le VIH-SIDA). La variante ‘D614G’ apparaît comme faisant partie d’un ensemble de quatre mutations liées qui semblent s’être produites une fois, puis se sont déplacées ensemble dans le monde sous la forme d’un ensemble cohérent de variations.

’C’est remarquable pour moi’, a commenté Will Fischer de Los Alamos, un autre auteur de l’étude, ’à la fois que cette augmentation de l’infectiosité a été détectée par l’observation minutieuse des seules données de séquences, et que nos collègues expérimentaux ont pu le confirmer avec un virus vivant dans un délai aussi bref’.

Heureusement, ’les données cliniques dans cet article de Sheffield ont montré que même si les patients atteints du nouveau virus G portaient plus de copies du virus que les patients infectés par D, il n’y avait pas d’augmentation correspondante de la gravité de la maladie’, a déclaré Saphire, qui dirige le Coronavirus Immunotherapy Consortium (CoVIC), soutenu par la Fondation Gates.

Korber a noté : ’Ces résultats suggèrent que la nouvelle forme du virus peut être encore plus facilement transmise que la forme originale - que cette conclusion soit finalement confirmée ou non, elle met en évidence la valeur de ce qui était déjà de bonnes idées, à savoir : porter des masques et maintenir la distance sociale’.

Les partenaires de recherche du ‘’Los Alamos National Laboratory’, de la ‘Duke University’ et de l’Université de Sheffield ont initialement publié des travaux sur cette analyse sur le site bioRxiv dans une préimpression d’avril 2020. Ce travail comprenait également des observations de patients COVID-19 de Sheffield qui suggéraient une association de la variante ‘D614G’ avec des charges virales plus élevées dans les voies respiratoires supérieures.

’Il est possible de suivre l’évolution du SRAS-CoV-2 à l’échelle mondiale parce que les chercheurs du monde entier mettent rapidement à disposition leurs données de séquences virales via la base de données de séquences virales GISAID’, a déclaré Korber. Actuellement, des dizaines de milliers de séquences sont disponibles grâce à ce projet, ce qui a permis à Korber et à l’équipe de recherche d’identifier l’émergence de la variante ‘D614G’.

GISAID a été créé pour encourager la collaboration entre les chercheurs sur la grippe, mais au début de l’épidémie, le consortium a créé une base de données SARS-CoV-2, qui est rapidement devenue la norme de facto pour le partage des séquences d’épidémie entre les chercheurs du monde entier.

L’étude, ’Suivi des changements dans le SRAS-CoV-2 Spike : preuve que le ‘D614G’ augmente l’infectivité du virus COVID-19’ a été soutenue par le Medical Research Council (MRC) du UK Research & Innovation (UKRI, National Institute of Health Research) (NIHR) ; Genome Research Limited, opérant sous le nom de Wellcome Sanger Institute ; CoVIC, INV-006133 of the COVID-19 Therapeutics Accelerator, soutenu par la Fondation Bill et Melinda Gates, Mastercard, Wellcome ; soutien philanthropique privé, ainsi que Overton famille ; un FastGrant, d’Emergent Ventures, à l’appui de la recherche COVID-19 ; et le National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health, Department of Health and Human Services, under Interagency Agreement No AAI12007-001-00000, et le programme de recherche et développement dirigé par le laboratoire de Los Alamos.

Les autres auteurs de l’étude étaient : S.Gnanakaran, H.Yoon, J. Theiler, W. Abfalterer, N. Hengartner, E.E. Giorgi, T. Bhattacharya, B.Foley, K.M. Hastie, M.D. Parker, D.G. Partridge, C.M. Evans, T.M. Freeman, T.I. de Silva, C. McDanal, L.G. Perez, H. Tang, A. Moon-Walker, S.P.Whelan, C.C. LaBranche.

Source de la publication : Materials provided by DOE/Los Alamos National Laboratory. Note : Content may be edited for style and length.

Référence de la publication : B. Korber, W.M. Fischer, S. Gnanakaran, H. Yoon, J. Theiler, W. Abfalterer, N. Hengartner, E.E. Giorgi, T. Bhattacharya, B. Foley, K.M. Hastie, M.D. Parker, D.G. Partridge, C.M. Evans, T.M. Freeman, T.I. de Silva, C. McDanal, L.G. Perez, H. Tang, A. Moon-Walker, S.P. Whelan, C.C. LaBranche, E.O. Saphire, D.C. Montefiori, on behalf of theSheffield COVID-19 Genomics Group. Tracking changes in SARS-CoV-2 Spike : evidence that D614G increases infectivity of the COVID-19 virus. Cell, July 2, 2020 ; DOI : 10.1016/j.cell.2020.06.043

Pour citer ce texte : MLA APA Chicago - DOE/Los Alamos National Laboratory. ’Newer variant of COVID-19-causing virus dominates global infections : Virus with D614G change in Spike out-competes original strain, but may not make patients sicker.’ ScienceDaily. ScienceDaily, 2 July 2020. www.sciencedaily.com/releases/2020/07/200702144054.htm .

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Coronavirus : sa variante ‘D614G’, ’plus infectieuse’, inquiète les scientifiques - 03/07/2020 09:23 CEST - Extraits du document ‘huffingtonpost.fr’ SCIENCE

Le SARS-CoV-2 tel qu’il circule actuellement infecte plus facilement les cellules que lorsqu’il est apparu en Chine, selon une étude publiée dans la revue ‘Cell’.

Passage de la séquence ‘D614’ à ‘G614’ en Europe enre Janvier et Mai 2020

CORONAVIRUS - La variante du coronavirus SARS-CoV-2 qui domine aujourd’hui dans le monde infecte plus facilement les cellules que celle qui est apparue à l’origine en Chine, ce qui la rend probablement plus contagieuse entre humains bien que cela reste à confirmer, selon une étude publiée jeudi 2 juillet dans la revue Cell.

“Nous ne savons pas encore si une personne s’en sort moins bien avec elle ou non”, a commenté Anthony Fauci, directeur de l’Institut des maladies infectieuses américain, à la revue Jama. “Il semble que le virus se réplique mieux et puisse être plus transmissible, mais nous en sommes toujours au stade d’essayer de le confirmer. Mais il y a de très bons généticiens des virus qui travaillent là-dessus.”

Après sa sortie de Chine et son arrivée en Europe, une variante du nouveau coronavirus, qui mute en permanence comme tout virus, est devenue dominante, et c’est cette version européenne qui s’est ensuite installée aux États-Unis. La variante, nommée D614G, concerne une seule lettre de l’ADN du virus, à un endroit contrôlant la pointe avec laquelle il pénètre les cellules humaines.

De premiers travaux en avril 2020

Les mutations génétiques du coronavirus sont traquées dans le monde entier par les chercheurs, qui séquencent le génome des virus qu’ils trouvent et les partagent sur une base de données internationale, GISAID, un trésor de plus de 30.000 séquences à ce jour. Les chercheurs de la nouvelle étude, des universités de Sheffield et Duke et du laboratoire national de Los Alamos, ont établi en avril que D614G dominait désormais et ont alors affirmé, avec une certaine alarme, que la mutation rendait le virus “plus transmissible”. Ils avaient mis leurs résultats en ligne sur un site de prépublications scientifiques. Mais cette assertion avait été critiquée car l’équipe n’avait pas prouvé que la mutation elle-même était la cause de la domination ; peut-être qu’elle a bénéficié d’autres facteurs ou du hasard. Les scientifiques ont donc réalisé des travaux et des expériences supplémentaires, à la demande notamment des éditeurs de Cell.

Plus “infectieux”, mais pas forcément plus “transmissible”

Ils ont d’abord analysé les données de 999 patients britanniques hospitalisés à cause du Covid-19 et observé que ceux ayant la variante avaient certes plus de particules virales en eux, mais sans que cela ne change la gravité de leur maladie ―une nouvelle encourageante. D’autre part, des expériences en laboratoire ont montré que la variante était en revanche trois à six fois plus capable d’infecter des cellules humaines. “Il semble probable que c’est un virus plus apte”, dit Erica Ollmann Saphire, qui a réalisé l’une de ces expériences, au La Jolla Institute for Immunology. Mais tout est dans le “probable” : une expérience in vitro ne peut pas reproduire la dynamique réelle d’une pandémie. La conclusion la plus stricte est donc que si le coronavirus qui circule actuellement est sans doute plus “infectieux”, il n’est pas forcément plus “transmissible” entre humains. Dans tous les cas, écrivent Nathan Grubaugh, de l’université Yale, et des collègues, dans un article distinct, “cette variante est désormais la pandémie”. ‘D614G’ ne devrait rien changer à nos mesures de restrictions, ni aggraver les infections individuelles”, poursuit Nathan Grubaugh. “Nous assistons au travail scientifique en temps réel : c’est une découverte intéressante qui touche potentiellement des millions de gens, mais dont nous ignorons encore l’impact final. Nous avons découvert ce virus il y a six mois, et nous apprendrons encore beaucoup de choses dans les six prochains mois.”